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liuanna

新虫 (初入文坛)

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虫号: 4529745
注册: 2016-03-22
性别: MM
专业: 基因表达调控与表观遗传学

[交流] 宏基因组测序已有1人参与

技术简介：
元基因组（宏基因组）学研究不要求对每个微生物进行分离、纯化和培养，而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过元基因组测序，能够揭示微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系，极大地扩展了微生物学的研究范围。

常规分析：
测序数据质控分析；
高质量序列的拼接和组装；
对组装后的contig序列（≥ 500 bp）进行基因预测；
预测基因的功能注释、物种分类及丰度统计；
COG功能分类和KEGG代谢途径分析；

高级分析：
样本间比较分析，差异基因或基因关联群所对应的基因家族、代谢途径、物种分类等；
优势物种基因组分析；
特定基因的进化分析；
个性化分析：
根据客户需求进行个性化定制分析。

元基因组功能基因分析
基于最小冗余的最大相关性特征筛选方法（mRMR），构建50个肠道细菌标记基因的二型糖尿病分类系统，同时计算二型糖尿病分类指数，揭示肠道细菌的主要功能，并预测其与二型糖尿病的相关性。

特征菌群的组成及代谢通路分析
基于元基因组shotgun测序和16S 序列分析数据，门水平的物种分类展示了健康人体7个不同部位的微生物组成特征，并预测微生物组的代谢途径，表明一些代谢途径在不同的个体及身体部位普遍存在。

元基因组物种谱及丰度分析
利用Krona软件展示北太平洋副热带环流细菌的元基因组物种分类及丰度信息。

比较元基因组分析
采用SnoWMAn软件对16S序列相似性进行分析，比较地面环境（A）、医疗用具（B）和工作环境（C）的细菌组成差异。

特定基因进化分析
采用NarV基因和NifH基因的氨基酸序列构建最大似然系统发育树，计算氨基酸位点替代速率，揭示氮循环相关的功能基因在元基因组中的进化关系。

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