| 查看: 4366 | 回复: 1 | ||||
[交流]
宏基因组测序 已有1人参与
|
|
技术简介： 元基因组（宏基因组）学研究不要求对每个微生物进行分离、纯化和培养，而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过元基因组测序，能够揭示微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系，极大地扩展了微生物学的研究范围。 常规分析： 测序数据质控分析； 高质量序列的拼接和组装； 对组装后的contig序列（≥ 500 bp）进行基因预测； 预测基因的功能注释、物种分类及丰度统计； COG功能分类和KEGG代谢途径分析； 高级分析： 样本间比较分析，差异基因或基因关联群所对应的基因家族、代谢途径、物种分类等； 优势物种基因组分析； 特定基因的进化分析； 个性化分析： 根据客户需求进行个性化定制分析。 元基因组功能基因分析 基于最小冗余的最大相关性特征筛选方法（mRMR），构建50个肠道细菌标记基因的二型糖尿病分类系统，同时计算二型糖尿病分类指数，揭示肠道细菌的主要功能，并预测其与二型糖尿病的相关性。 特征菌群的组成及代谢通路分析 基于元基因组shotgun测序和16S 序列分析数据，门水平的物种分类展示了健康人体7个不同部位的微生物组成特征，并预测微生物组的代谢途径，表明一些代谢途径在不同的个体及身体部位普遍存在。 元基因组物种谱及丰度分析 利用Krona软件展示北太平洋副热带环流细菌的元基因组物种分类及丰度信息。 比较元基因组分析 采用SnoWMAn软件对16S序列相似性进行分析，比较地面环境（A）、医疗用具（B）和工作环境（C）的细菌组成差异。 特定基因进化分析 采用NarV基因和NifH基因的氨基酸序列构建最大似然系统发育树，计算氨基酸位点替代速率，揭示氮循环相关的功能基因在元基因组中的进化关系。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 肠道微生物 |
» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有9人回复
-
能否申诉？
已经有5人回复
-
为什么到现在没收到通知？
已经有5人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有8人回复
-
面上意见出来了
已经有18人回复
-
找导师
已经有7人回复
-
29号明天会评吗
已经有3人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有11人回复
-
我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？
已经有11人回复
2楼2019-06-26 16:14:45
投票:
10