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liuds7792

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】单机多核并行

我们有一台2cpu,每cpu  有 4个核的机器,想将这8个核并行起来运行vasp。

求高手给个办法。
[search]多核并行[/search]

[ Last edited by wuchenwf on 2009-6-23 at 20:10 ]
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quantum999

金虫 (著名写手)

★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢您的帮助
安装mpi编译
若通过,ok
2楼2008-11-01 19:49:13
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liuds7792

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by quantum999 at 2008-11-1 19:49:
安装mpi编译
若通过,ok

我已用mpi编译好了vasp,但是怎样让8个核一起跑一个任务呢?  好像mpi一般是将不同机器并行起来。而我希望一个机子上的8个核并行起来。

如果可以,给个执行的指令吧

谢谢!!
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3楼2008-11-01 20:20:09
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liuds7792

金虫 (小有名气)

VASP with OpenMP and MPI

Moderators: admin.   
Author  Post  
pavel   Thu Oct 02 2008, 03:30PM   


Registered Member #923
Joined Tue Oct 17 2006, 04:08PM
Location: Karlsruhe, Germany
posts 15
Is it possible to compile VASP with combination of OpenMP (shared memory) within one node and MPI for communication between different nodes? It would be very useful for e.g. IBM Power 6 computers with 32 CPU per nodes.
Has anyone an experience?  
Back to top     


job   Mon Oct 06 2008, 03:17PM   


Registered Member #371
Joined: Tue Aug 16 2005, 09:44AM
posts 44
Do you see any OpenMP directives in the source code?

No? Well, that answers it then..   

上面是vasp官方论坛的帖子,貌似说明vasp无法实现节点内并行,因为vasp源代码中没有OpenMP的指令
请高手明示!!
谢谢

vasp官方贴链接:
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum_viewtopic.php?2.4851
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4楼2008-11-01 20:56:17
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quantum999

金虫 (著名写手)

★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流! 4-25 21:18
mpirun -np ...
不行么?
5楼2008-11-02 09:06:15
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liuds7792

金虫 (小有名气)

输入:mpirun -np 2 ./vasp > out&
报错:
mpiexec_xeon (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
mpiexec_xeon (handle_stdin_input 1090):     e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null &
mpiexec_xeon (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null
mpiexec_xeon (handle_stdin_input 1090):     e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null &
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6楼2008-11-02 12:33:57
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liuds7792

金虫 (小有名气)

输入:
mpirun -np 2 ./vasp < /dev/null > out&

后,任务是跑起来了,OUTCAR:
vasp.4.6.26 15Dec04 complex
executed on             LinuxPgi date 2008.11.02  19:16:40
running on    2 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    2 groups

并行效果非常差,比串行版还慢很多,不知是什么原因,是不是mpich2无法实现节点内并行?有谁实现了吗?给个具体的操作方式吧
谢谢quantum999  的讨论
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7楼2008-11-02 19:17:45
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liuds7792

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
wuli8(金币+3,VIP+0):感谢讨论,(*^__^*) …… 4-25 20:20
终于搞定了,原来是libgoto的线程编译问题
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum_viewtopic.php?2.4554
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8楼2008-11-03 19:44:32
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zhangyunli

金虫 (正式写手)

期待大家更多的讨论
9楼2009-04-25 18:51:13
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hakuna

木虫 (知名作家)

★ ★ ★ ★ ★
wuli8(金币+5,VIP+0):感谢讨论,(*^__^*) …… 4-25 20:19
1. mpich2下需要先开启mpd
2. 两路4核至强并行时,4个以上进程并行的话,效率比较差
3. 建议编译时用INTEL的库函数
10楼2009-04-25 19:11:54
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