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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 溶液中离子团簇大小统计
汕头大学海洋科学接受调剂
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jeah_z

新虫 (初入文坛)

[求助] 溶液中离子团簇大小统计 已有2人参与

大家好：
       我用LAMMPS在做离子水溶液模拟，想统计一下溶液中形成的离子团簇大小的分布，有没有什么软件和方法可以统计？
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1楼 2016-05-24 09:04:02
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abinitio

版主 (著名写手)
讨论一下，你是如何定义团簇的？也就是说，什么条件的粒子团才叫团簇？
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2楼2016-05-24 09:45:01
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jeah_z

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2016-05-24 09:45:01
讨论一下，你是如何定义团簇的？也就是说，什么条件的粒子团才叫团簇？

我输出了离子坐标，根据离子之间距离，离子聚拢在一起相互间距离小于一定距离（两两即可），没有软件的话，只能自己写一个了
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Go!
3楼2016-05-24 16:11:14
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
grid的方法，结合probe或者直接Voronoi即可求得
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
4楼2016-05-25 15:48:14
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issp-hao

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jeah_z: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 6 2016-05-25 17:24:19
可以考虑应用Art of molecular simulation书中的cluster分析手段，里面有源程序
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5楼2016-05-25 16:38:06
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issp-hao

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jeah_z: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2016-05-25 17:24:03
引用回帖:
5楼: Originally posted by issp-hao at 2016-05-25 16:38:06
可以考虑应用Art of molecular simulation书中的cluster分析手段，里面有源程序

附件为源程序代码，请参考
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  • 附件 1 : pr_anclust.c
    • 2016-05-25 16:39:23, 5.6 K
6楼2016-05-25 16:40:45
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tanxyouxian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by issp-hao at 2016-05-25 16:38:06
可以考虑应用Art of molecular simulation书中的cluster分析手段，里面有源程序

请问，具体要怎么用pr_anclust.c呢？在Gromacs里面的。
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7楼2016-09-18 15:09:51
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issp-hao

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by tanxyouxian at 2016-09-18 15:09:51
请问，具体要怎么用pr_anclust.c呢？在Gromacs里面的。...

可以用gromacs计算得到的坐标数据，然后用cluster分析

发自小木虫Android客户端
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8楼2016-09-20 09:02:55
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cuso4852cuoh

新虫 (小有名气)
请问楼主搞定了吗？怎么弄的啊？求指点啊
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9楼2019-04-10 10:25:02
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