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jeah_z

新虫 (初入文坛)

[求助] 溶液中离子团簇大小统计 已有2人参与

大家好:
       我用LAMMPS在做离子水溶液模拟,想统计一下溶液中形成的离子团簇大小的分布,有没有什么软件和方法可以统计?
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abinitio

版主 (著名写手)

讨论一下,你是如何定义团簇的?也就是说,什么条件的粒子团才叫团簇?
2楼2016-05-24 09:45:01
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jeah_z

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2016-05-24 09:45:01
讨论一下,你是如何定义团簇的?也就是说,什么条件的粒子团才叫团簇?

我输出了离子坐标,根据离子之间距离,离子聚拢在一起相互间距离小于一定距离(两两即可),没有软件的话,只能自己写一个了
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3楼2016-05-24 16:11:14
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
grid的方法,结合probe或者直接Voronoi即可求得
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
4楼2016-05-25 15:48:14
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issp-hao

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jeah_z: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 6 2016-05-25 17:24:19
可以考虑应用Art of molecular simulation书中的cluster分析手段,里面有源程序
5楼2016-05-25 16:38:06
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issp-hao

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jeah_z: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2016-05-25 17:24:03
引用回帖:
5楼: Originally posted by issp-hao at 2016-05-25 16:38:06
可以考虑应用Art of molecular simulation书中的cluster分析手段,里面有源程序

附件为源程序代码,请参考

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  • 附件 1 : pr_anclust.c
  • 2016-05-25 16:39:23, 5.6 K
6楼2016-05-25 16:40:45
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tanxyouxian

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by issp-hao at 2016-05-25 16:38:06
可以考虑应用Art of molecular simulation书中的cluster分析手段,里面有源程序

请问,具体要怎么用pr_anclust.c呢?在Gromacs里面的。
7楼2016-09-18 15:09:51
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issp-hao

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by tanxyouxian at 2016-09-18 15:09:51
请问,具体要怎么用pr_anclust.c呢?在Gromacs里面的。...

可以用gromacs计算得到的坐标数据,然后用cluster分析

发自小木虫Android客户端
8楼2016-09-20 09:02:55
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cuso4852cuoh

新虫 (小有名气)

请问楼主搞定了吗?怎么弄的啊?求指点啊
9楼2019-04-10 10:25:02
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