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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】construction总失败是怎么回事?

我做的是高分子膜的模拟,打算用armophouse cell 建立一个box,可是总是建立不起来,发现错误信息如下:

   main - Catenation or spearing found. Reattempting build.

据说是由于分子具有刚性,所以建立这样的box比较困难,请问如何解决 ? 谢谢
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yijun0516

铜虫 (小有名气)

我没有遇到过这样的情况,也不知道你建模的具体的过程,能否说得具体一些,大家探讨探讨?
2楼2008-11-02 10:23:05
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

已经解决了, 是因为initial density 太大造成的

我的target density 是1.4, initial设成0.1才行  现在已经run了30%了

建一个box大概需要3天  

体系大约4000个原子
3楼2008-11-02 21:33:08
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