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高通量测序建库时的标记引物选择 已有1人参与
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求助：建Illumina的测序库，需要用index primer扩增后pool， 这是老外发给我的： IMPORTANT!!! Remember to choose your indexes wisely, they need a minimum of 3 Bp distance and also have a balanced relation between red/green laser activation see excel sheet with index primers. Index sequence capture 1 CGTAGT C G T A G T Capture 2 CAGCAC C A G C A C capture 3 ACTGCG A C T G C G capture 4 TCGATG T C G A T G capture 5 TACGAG T A C G A G capture 6 GTCGTC G T C G T C 这里的red是c和a，green是t和g。 问题是： 1. 3bp distance 指的是什么? index之间需要有最少3个序列不同吗? 那不是应该在设计引物的时候就设计好了. 2. 保持balanced relation 是指如果选择了上述的6个引物，那么我需要保证其总的ca/tg比例大约为1:1吗? 3.另外，Enter the total number of lanes you want to be processed. Examples: If you have one pool to be sequenced on 4 lanes, write “4”. If you have 4 pools to be sequenced on one lane each, write “4” If you have 2 pools to be sequenced on 2 lanes each, write “4”, but specify in the additional information field what you exactly need. 这里的lane指的是什么？ 分子基础比较薄弱，谢谢大家，祝实验顺利！ |
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