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wyc661217

新虫 (初入文坛)

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[求助] 高通量测序建库时的标记引物选择已有1人参与

求助：建Illumina的测序库，需要用index primer扩增后pool，这是老外发给我的：

IMPORTANT!!! Remember to choose your indexes wisely, they need a minimum of 3 Bp distance and also have a balanced relation between red/green laser activation see excel sheet with index primers.

Index sequence
capture 1 CGTAGT C G T A G T
Capture 2 CAGCAC C A G C A C
capture 3 ACTGCG A C T G C G
capture 4 TCGATG T C G A T G
capture 5 TACGAG T A C G A G
capture 6 GTCGTC G T C G T C

这里的red是c和a，green是t和g。

问题是：
1. 3bp distance 指的是什么? index之间需要有最少3个序列不同吗? 那不是应该在设计引物的时候就设计好了.
2. 保持balanced relation 是指如果选择了上述的6个引物，那么我需要保证其总的ca/tg比例大约为1:1吗?
3.另外，Enter the total number of lanes you want to be processed. Examples: If you have one pool to be sequenced on 4 lanes, write “4”. If you have 4 pools to be sequenced on one lane each, write “4” If you have 2 pools to be sequenced on 2 lanes each, write “4”, but specify in the additional information field what you exactly need. 这里的lane指的是什么？

分子基础比较薄弱，谢谢大家，祝实验顺利！

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1楼 2016-05-23 18:30:53

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joeming123

银虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

1、need a minimum of 3 Bp distance 这个说的是index至少是有3bp的长度。
2、balanced relation就是碱基平衡，这个和你理解的差不多
3、lane 就是测序的时候，芯片上的通道，你可以理解成每条lane就是不同的区域，在同一条lane的样品的index 需要不一样。

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现在的路越来越难走

2楼2016-05-24 08:47:39

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wyc661217

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by joeming123 at 2016-05-24 08:47:39
1、need a minimum of 3 Bp distance 这个说的是index至少是有3bp的长度。
2、balanced relation就是碱基平衡，这个和你理解的差不多
3、lane 就是测序的时候，芯片上的通道，你可以理解成每条lane就是不同的区 ...

谢谢您！可是所有index都是6bp，他让我注意需要超过3bp不是废话么...