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wr1915

新虫 (小有名气)

[求助] 有没有动力学软件可以模拟小分子离开蛋白过程中蛋白结构的变化? 已有1人参与

有一个蛋白,结合小分子之前,蛋白口袋无序;结合小分子后,结合口袋比较完整,但是袋口比较小,小分子出不来;在溶液中,小分子容易出来,有没有一种动力学模拟方法,显示小分子从口袋中出来的时候蛋白结合口袋会发生什么样的变化?
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jackyma

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

应该Amber或Gromac等分子动力学模拟软件都可以做你要的模拟。

关键是你问题中说的,小分子跑出来这是怎么确认的?实验确认?
一般小分子如果和蛋白结合力比较强大话,不会轻易跑出结合口袋吧, 如果随便能跑出来,你就建一个溶液模型,用上面任一个软件跑一定长度的模拟,使用VMD等软件仔细观察模拟轨迹就会发现口袋周围结构变化了。
2楼2016-05-26 12:10:20
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