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wr1915

新虫 (小有名气)

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注册: 2012-02-28
专业: 药物设计与药物信息

[求助] 有没有动力学软件可以模拟小分子离开蛋白过程中蛋白结构的变化？已有1人参与

有一个蛋白，结合小分子之前，蛋白口袋无序；结合小分子后，结合口袋比较完整，但是袋口比较小，小分子出不来；在溶液中，小分子容易出来，有没有一种动力学模拟方法，显示小分子从口袋中出来的时候蛋白结合口袋会发生什么样的变化？

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1楼 2016-05-23 10:04:33

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jackyma

新虫 (小有名气)

模拟EPI: 2
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专业: 药物设计与药物信息

【答案】应助回帖

应该Amber或Gromac等分子动力学模拟软件都可以做你要的模拟。

关键是你问题中说的，小分子跑出来这是怎么确认的？实验确认？
一般小分子如果和蛋白结合力比较强大话，不会轻易跑出结合口袋吧, 如果随便能跑出来，你就建一个溶液模型，用上面任一个软件跑一定长度的模拟，使用VMD等软件仔细观察模拟轨迹就会发现口袋周围结构变化了。

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