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hanlvjy

新虫 (初入文坛)

[求助] 怎样计算有机分子中每个原子的电荷 已有1人参与

求助:新手用VMD学习分子动力学模拟,因为top文件中一般只有氨基酸的结构信息,我现在想将蛋白质和一个有机小分子(萜类)放在一起模拟,但是因为没有这个小分子结构信息,所以不能生成psf文件。因此需要确定每个原子的电荷信息,请高人指教通过什么才能确定电荷,自己写top文件。听说可以用GaussView计算电荷,但是不知道该弄,请指教!因为是新手,请尽可能介绍详细点!谢谢!
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
2楼2016-05-21 04:01:50
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小小小北洋

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1楼: Originally posted by hanlvjy at 2016-05-20 22:51:14
求助:新手用VMD学习分子动力学模拟,因为top文件中一般只有氨基酸的结构信息,我现在想将蛋白质和一个有机小分子(萜类)放在一起模拟,但是因为没有这个小分子结构信息,所以不能生成psf文件。因此需要确定每个原 ...

请问楼主解决了吗?我最近在用分子动力学做复合材料相关的问题,但是也不知道怎么获得分子的电荷信息。

发自小木虫Android客户端
3楼2016-11-06 16:23:00
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