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lsgan

木虫 (正式写手)

[交流] 【交流】终于算上了!

前几天发了个帖子,叫做买电脑了,见:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1020333&page=1&sid=CH7r2l#pid9209415
现在电脑终于买回来了,算上了。接下来给大家详细分享一下其中的过程。
本人第一次做计算。
首先,配电脑。
1、刚开始准备自己去电脑市场组装家用机,配置用目前最好的,如Q9550,QX9650 CPU,华硕主板等等。配下来一台也在7000左右
2、经过反复思考,听取别人建议,改配服务器;稳定性高啊。
3、因为预算不能超过1w,首先调查了一下品牌机,DELL1W左右的只能配4核,2G内存。遂放弃。准备自己攒服务器
4、首先,CPU,因为要算Gaussian。所以选择了Intel的,45纳米Xeon 5400系列;刚开始准备5410×2;后来提高了一点5420*2,这个主要看预算了。
5、主板:最便宜和最实惠的就是基于intel 5000V芯片组的几种啦,泰安S5370
华硕DSBV-DX/C  英特尔S5000VSA ;最后选择了泰安S5370;支持1333
6、内存:一定要选择全缓冲内存FB-DIMM,ECC reg. 667组建双通道;风扇,纯铜;涡轮;电源台达600w;
7、后来配置如下
主板        泰安S5370        1       
CPU        至强5420        2       
风扇        金钱豹2U771侧吹        2
内存        金士顿FBD667/2G        4
硬盘        WD250GABYS企业盘        2
电源        台达600W        1        780
机箱        联志T11        1        380
光驱        SONY DVD-R        1
8、以前没装过机,自己组装还是很费劲的,所以选择本地的一家DIY服务器的公司进行组装,以后有问题找它们维护。如何选公司?
我是在taobao上找的。搜索本地的服务器组装公司。
前天,组装成功,按照上面的配置,总价9900含税

经验教训:泰安S5370选的不好,因为它不支持linux RAID(磁盘阵列),原来准备2块硬盘组成raid0提高访问速度的。

下面说一下软件:
1、由于xeon5400系列支持EM64T指令集,要快速计算,当然要装linux 64位操作系统了。
2、服务器公司给了一套RHEL 4-U4-64,当然也可以自己下载
3、本来准备2块硬盘组建raid0,后来发现intel官方网上提供的驱动根本装不上,原来以为采用5000V芯片组的都行的,后来调查发现泰安的s5370不行,而intel的5000vsa应该可以,虽然都是ESB2芯片,但intel有LS1的控制器吧,我也不是很懂,遂放弃用ESB2芯片做RAID;其实这种RAID也是软件Raid。不能和硬件RAID相媲美。
4、装linux,不能raid,只能装在一个磁盘里,分区/boot /swap;在设置分区时,设置了linux软件RAID,这种RAID是在一张磁盘上的,效果稍差。将raid0盘设为/root
5、安装gaussian,本版某人共享的的gaussian 64 很好,专门为EM64t优化过
但是我下载以后在linux下解压不了,老是出错,解压出来的文件数目明显很少。后来索性在windows下解压成一个文件夹,考到linux下
6、编辑bashrc文件后就可以使用了,本版上的bashrc编辑方法不行,运行不了,后来我根据出错信息,进行了如下更正:
export g03root=home/user/g03
/home/user/g03/bsd/g03.profile
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
export GAUSS_EXEDIR=/home/user/g03
随后搞定!其中user就是你的用户名
保存bashrc文件,载入即可:
source ~/.bashrc
7、初学linux,学会了几个简单命令,在windows下直接ctrl+alt+del出来任务管理器,在linux下只要简单的命令就可以啦
ps 相当于windows任务管理器第一页,显示运行的程序
ps -e 相当于windows任务管理器第二页,显示所有进程
相当方便,这也成为后面查询gaussian进程的命令
8、远程控制,用两个软件,就可以啦!
windows下安装secure CRT和winscp
在linux上开启sshd和gssftp服务即可。
9.如何运行gaussian:
首先,在win下用gview生成输入文件,如test.gjf
用winscp上传至linux指定目录下,
首先要将test.gjf转化一下格式!
命令:
dos2unix test.gjf
转化完成后,运行
///g03 ///test.gjf &
即可,其中///指的是正确的路径,路径一定要正确才能运行!
运行后可以用ps命令查询进程如:
$ ps
  PID TTY          TIME CMD
6056 pts/1    00:00:00 bash
6254 pts/1    00:00:00 g03
6255 pts/1    01:51:58 l914.exe
6358 pts/1    00:00:00 ps
这一切我都是初学,希望对初学者有用。

[ Last edited by lsgan on 2008-11-1 at 11:37 ]
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yyh0728

新虫 (小有名气)

lsgan  楼主您好,我想请您告诉我计算ECd那个公式里面的E值的含义。我不知道那E值的含义,所以就没法进行计算和描绘ECD谱图,非常急切知道答案,谢谢楼主
5楼2008-11-14 22:47:49
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huahua1981

铜虫 (小有名气)

我用的是ssh 也挺好的啊
3楼2008-10-31 17:02:39
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xiaxue_121

木虫 (正式写手)

恭喜楼主,也感谢楼主这种大公无私的精神。
4楼2008-11-01 09:32:55
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