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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 模拟辐射损伤中，关于势函数的文件格式问题
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冷不丁的划破

新虫 (初入文坛)

[求助] 模拟辐射损伤中，关于势函数的文件格式问题 已有1人参与

问一下大家，lammps里的势函数的格式是怎么样的，因为要模拟辐照损伤，PKA能量较高，eam势不适用，要用到zbl势，所以我现在打算用这篇文献（Computer simulation of displacement cascades in tungsten with modified F–S type potential）里的势参数拟合一个势函数文件，各种参数都有了，但是不知道lammps 的势函数文件是怎么拟合出来的，也看不懂它的格式。
           之前在网上也没找到相关的帮助，所以来问问大家，求帮助！
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1楼 2016-05-11 21:17:30
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

影子政

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有。
http://atsimpotentials.readthedo ... eam_tabulation.html
上面网站上有具体描述怎么做。不过要使用到Python。
  可以根据势函数的参数得到势函数文件，用于LAMMPS中只包含了 Finnis-Sinclair Potentials ，EAM，eam.alloy三种格式，我没有细看，具体怎么弄，你看网站上的介绍吧。
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if I rest,I rust!
7楼2016-05-14 15:16:02
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谁主沉浮1992

新虫 (初入文坛)
我也遇到相同的问题
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2楼2016-05-12 09:59:13
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影子政

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by 冷不丁的划破 at 2016-05-16 15:57:00
问您一个问题，关于势函数格式里的Nrho，drho的关系，比如Nrho为10000，drho为什么是0.05，rho的值是1的话，drho应该是0.0001才对啊？谢谢...

那EAM势函数作为例子： 斥力项和嵌入项都是距离r的函数
Nrho和drho是和嵌入项相关的   drho 是间隔距离 Nrho代表有多少个间隔距离

Nr和dr是和斥力项相关的        dr代表间隔距离  Nr代表有多少个间隔距离

用于Lammps的势函数文件格式中（setfl)第五行就业这些信息：
10000   0.120E-02   10000  0.599501E-03  0.599E+01
Nrho     drho             Nr          dr                 cutoff

cutoff=(Nr-1)*dr

所以没有为什么drho是0.05的问题      是制作这个势函数的作者取的间隔值
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if I rest,I rust!
12楼2016-07-07 10:49:53
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普通回帖

谁主沉浮1992

新虫 (初入文坛)
想要铟的eam势，在一篇英文文章中有完整的参数列表，不知怎么转换成lammps可以识别的势文件
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3楼2016-05-12 10:01:21
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冷不丁的划破

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 谁主沉浮1992 at 2016-05-12 10:01:21
想要铟的eam势，在一篇英文文章中有完整的参数列表，不知怎么转换成lammps可以识别的势文件

大家问题一样啊，一起学习吧

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4楼2016-05-13 10:09:03
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billie113
祝福
5楼2016-05-13 13:27:47
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fcwu

木虫 (小有名气)
请问问题解决了吗？求交流

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6楼2016-05-13 16:17:27
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影子政

铜虫 (初入文坛)
顺便说一下，级联碰撞中，文献用到的ZBL，是可以和eam搭配着用的，ZBL描述在很小的距离内（1A内）碰撞的原子间相互作用，超过某一cutoff 换做eam描述， 两个可以合在一起用。
见manual，  pair_style hybrid/overlay command
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if I rest,I rust!
8楼2016-05-14 15:26:31
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冷不丁的划破

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 影子政 at 2016-05-14 15:16:02
有。
http://atsimpotentials.readthedocs.io/en/latest/potentials/eam_tabulation.html
上面网站上有具体描述怎么做。不过要使用到Python。
  可以根据势函数的参数得到势函数文件，用于LAMMPS中只包含了 Finn ...

谢谢

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9楼2016-05-15 10:54:52
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冷不丁的划破

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 影子政 at 2016-05-14 15:26:31
顺便说一下，级联碰撞中，文献用到的ZBL，是可以和eam搭配着用的，ZBL描述在很小的距离内（1A内）碰撞的原子间相互作用，超过某一cutoff 换做eam描述， 两个可以合在一起用。
见manual，  pair_style hybrid/overl ...

问您一个问题，关于势函数格式里的Nrho，drho的关系，比如Nrho为10000，drho为什么是0.05，rho的值是1的话，drho应该是0.0001才对啊？谢谢
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10楼2016-05-16 15:57:00
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