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dgwfly

新虫 (正式写手)

[求助] 分子动力学中的元胞链接列表 Cell Linked List

最近在看Frenkel的那本分子模拟的书,在看采用列表法对计算力进行加速的时候,不是很明白。
图片是关于元胞列表法的一些介绍,我知道基本思路是姜模拟盒子分成若干个小元胞(cell),然后计算粒子i与这些元胞中粒子的相互作用。
可不是很理解在编程过程中需要的两个一维数组 Head和List,按照图片所示, Head是对应的元胞中序号最大的粒子么?那List是怎么将粒子链接起来的呢?


分子动力学中的元胞链接列表 Cell Linked List

分子动力学中的元胞链接列表 Cell Linked List-1

分子动力学中的元胞链接列表 Cell Linked List-2
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wuliyangjianyu

木虫 (小有名气)

head是胞中的第一个原子,是根据位置确定的,list表示这个原子后面的那个原子,即list(甲)=乙,这样相当于绳子上串起很多有编号的球,只要提起第一个球,即把在这根绳子上所有的球都找到了。

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2楼2016-05-20 19:03:09
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dgwfly

新虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wuliyangjianyu at 2016-05-20 19:03:09
head是胞中的第一个原子,是根据位置确定的,list表示这个原子后面的那个原子,即list(甲)=乙,这样相当于绳子上串起很多有编号的球,只要提起第一个球,即把在这根绳子上所有的球都找到了。
...

很形象,谢谢您

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3楼2016-05-21 00:30:17
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