24小时热门版块排行榜    

查看: 1444  |  回复: 4

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   同方向广播   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

一次性保温杯

金虫 (小有名气)

同是新手,第二个问题编程应该可以计算吧,先把每个水分子周围的形成氢键的水分子给计算出来形成一个拓扑结构,然后对每个水分子进行计算,可以实现的。
第一个问题可以通过编程识别分子并加以编号吧,要看分子的复杂程度了,水分子还比较好办。
另外我想问下你获取dump文件里面的信息主要是通过什么方式呢,VMD可以计算那些内容呢,我发现想要点新东西还得自己编程呀,好难,目前正在学
2楼2016-05-04 19:13:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
3楼2016-05-05 09:32:59
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

一次性保温杯

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 团小暖 at 2016-05-04 17:32:59
你做过识别分子并编号的工作吗?我问了专门编程的同学,可能没有分子动力学基础,不好实现。还请多指教啊。VMD可以显示不同时刻的构型,分析计算一些简单的参数,RDF,氢键分布等等。有官网和手册,你可以下载来看看 ...

我看过matlab基础教程,会做一些简单的计算,就是对于每个氧,找出周围两个氢原子,然后把这三个原子信息变成一个水分子的信息,复杂体系还没试过,还需要继续深入学习吧。你可以看下matlab或者c语言的书
4楼2016-05-05 14:16:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
5楼2016-05-05 15:42:27
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页
相关版块跳转 我要订阅楼主 团小暖 的主题更新
信息提示
请填处理意见