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zhlrui

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】膜蛋白如何在膜两侧加水

大家有做膜蛋白的吗？帮帮忙啊，我最近一直在用gromacs做膜蛋白的分子动力学，但是加水盒子总是整个空间都加上了水，如何操作才能只在膜两侧加水呢？文献中都说是膜两侧加水的！
[search]gromacs 膜蛋白水盒子[/search]

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为了理想而奋斗

1楼 2008-10-28 15:47:20

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shaoqingfly

铁虫 (初入文坛)

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★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！

蛋白膜是不是和某两个方向的盒子长度一致？
有三种方法可以参考下：
1 一种方法：先全部加，然后编程将不需要的水分子去掉。
2 另一种方法：事先制作一个水盒子(A1)，通过位移得到另一个水盒子（A2），然后粘贴，复制 A1+Membrane+A2，应该也可以
3 有一个软件 packmol 可以制作不同类型的溶剂盒子，可以试试

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2楼2008-10-29 10:50:39

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