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zhlrui

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】膜蛋白如何在膜两侧加水

大家有做膜蛋白的吗?帮帮忙啊,我最近一直在用gromacs做膜蛋白的分子动力学,但是加水盒子总是整个空间都加上了水,如何操作才能只在膜两侧加水呢?文献中都说是膜两侧加水的!
[search]gromacs 膜蛋白 水盒子[/search]
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为了理想而奋斗
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shaoqingfly

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
蛋白膜是不是和某两个方向的盒子长度一致?
有三种方法可以参考下:
1 一种方法:先全部加,然后编程将不需要的水分子去掉。
2 另一种方法:事先制作一个水盒子(A1),通过位移得到另一个水盒子(A2),然后粘贴,复制 A1+Membrane+A2,应该也可以
3 有一个软件 packmol 可以制作不同类型的溶剂盒子,可以试试
2楼2008-10-29 10:50:39
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