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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps运行一段时间ERROR on proc 0: Out of range atoms - cannot compute PPPM
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huhaoweihhw

金虫 (正式写手)

[求助] lammps运行一段时间ERROR on proc 0: Out of range atoms - cannot compute PPPM已有1人参与

请教各位大神，串行lammps运行一段时间后，出现错误：
   ... ...
    4520     499.6416    491.08459
    4530    502.53186    491.94871
    4540    496.70901    514.57522
    4550    505.29421    488.53725
    4560    497.18663    500.03731
    4570    500.95879    492.00334
    4580    497.61546    495.51143
    4590    503.87857    499.40115
    4600    499.22191    499.48871
    4610    500.30503    493.48979
    4620      -1.#IND    501.96431
ERROR on proc 0: Out of range atoms - cannot compute PPPM (../pppm.cpp:1918)

这是什么原因，该如何解决呢？？
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1楼2016-05-02 18:10:26
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huhaoweihhw: 金币+5, ★有帮助 2016-05-04 20:08:32
原因只有一个，局部的受力太大了。
可能是初始构型的问题，也可能是楼主参数给的不合理。检查一下吧
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

huhaoweihhw
2楼2016-05-02 23:12:49
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普通回帖

huhaoweihhw

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-02 23:12:49
原因只有一个，局部的受力太大了。
可能是初始构型的问题，也可能是楼主参数给的不合理。检查一下吧

谢谢，我再检查下参数
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3楼2016-05-03 09:29:58
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huhaoweihhw

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-02 23:12:49
原因只有一个，局部的受力太大了。
可能是初始构型的问题，也可能是楼主参数给的不合理。检查一下吧

其实我计算的体系很简单（液态水蒸发的情况），首先再VMD中建立水盒子，然后在下方设置加热的固体壁面（初始结构没有问题），x、y方向为周期边界，z方向为非周期。用fix命令，设置上壁面为镜像壁面。

我在怀疑是否是上壁面镜像壁面这样设置，有问题呢？跪求高手指导。。。
lammps运行一段时间ERROR on proc 0: Out of range atoms - cannot compute PPPM
初始结构.png
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4楼2016-05-03 09:48:45
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hustli2014

新虫 (小有名气)
时间步设置。可以试一下。

发自小木虫IOS客户端
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5楼2016-05-03 23:28:33
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huhaoweihhw

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hustli2014 at 2016-05-03 23:28:33
时间步设置。可以试一下。

对，我设置2fs时不会错，而5fs时就报错

发自小木虫Android客户端
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6楼2016-05-04 08:59:35
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jiezhou5322

银虫 (正式写手)
时间步 调小 或者 negibor list 增大 试试
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每个人只能陪你走一段路程
7楼2016-05-04 09:13:55
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jiezhou5322

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by huhaoweihhw at 2016-05-03 09:48:45
其实我计算的体系很简单（液态水蒸发的情况），首先再VMD中建立水盒子，然后在下方设置加热的固体壁面（初始结构没有问题），x、y方向为周期边界，z方向为非周期。用fix命令，设置上壁面为镜像壁面。

我在怀疑是 ...

楼主这是用vmd 显示的 吗，还是Vito？
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每个人只能陪你走一段路程
8楼2016-05-04 09:14:37
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huhaoweihhw

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiezhou5322 at 2016-05-04 09:14:37
楼主这是用vmd 显示的 吗，还是Vito？...

好的，谢谢。用ovito显示的

发自小木虫Android客户端
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9楼2016-05-04 11:09:03
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jmforever123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by huhaoweihhw at 2016-05-03 09:48:45
其实我计算的体系很简单（液态水蒸发的情况），首先再VMD中建立水盒子，然后在下方设置加热的固体壁面（初始结构没有问题），x、y方向为周期边界，z方向为非周期。用fix命令，设置上壁面为镜像壁面。

我在怀疑是 ...

请问楼主水分子的势函数是应用的tip4p/long吗，我的跟你的差不多，能否请教一下，谢谢
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10楼2016-06-13 16:03:31
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