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lifei_dut

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[交流] 【求助】如何修改配体的pdb文件呢？

请问如果配体的pdb文件中存在溴原子？我改如何修改呢？
我将生成pdb文件中的B改为BR,结果发现溴原子都变成单独的了。没有连接成键？请大家帮帮忙
REMARK  2 active torsions:
REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)
REMARK 1  A between atoms: C_9  and  O_10
REMARK 2  A between atoms: C_11  and  O_10
ROOT
ATOM    1 BR UNK A 0    10.815  16.578 2.824  0.00  0.00 -0.049 Br
ATOM    2 BR UNK A 0    8.111  17.503  -2.102  0.00  0.00 -0.047 Br
ATOM    3 BR UNK A 0    11.477  13.949 2.057  0.00  0.00 -0.049 Br
ATOM    4  C UNK A 0    10.516  14.860 0.748  0.00  0.00    0.043 A
ATOM    5  C UNK A 0    10.192  16.147 1.126  0.00  0.00    0.042 A
ATOM    6  C UNK A 0    9.478  16.992 0.303  0.00  0.00    0.016 A
ATOM    7  C UNK A 0    9.104  16.462  -0.923  0.00  0.00    0.058 A
ATOM    8  C UNK A 0    10.163  14.326  -0.472  0.00  0.00    0.032 A
ATOM    9  C UNK A 0    9.435  15.172  -1.329  0.00  0.00    0.107 A
ENDROOT
BRANCH 9  10
ATOM    10  O UNK A 0    9.114  14.827  -2.636  0.00  0.00 -0.306 OA
BRANCH  10  11
ATOM    11  C UNK A 0    9.940  13.842  -3.170  0.00  0.00    0.106 A
ATOM    12  C UNK A 0    11.223  14.166  -3.623  0.00  0.00    0.026 A
ATOM    13  C UNK A 0    11.970  13.173  -4.260  0.00  0.00    0.009 A
ATOM    14  C UNK A 0    11.422  11.913  -4.413  0.00  0.00    0.035 A
ATOM    15 BR UNK A 0    12.451  10.607  -5.259  0.00  0.00 -0.049 Br
ATOM    16  C UNK A 0    10.153  11.562  -3.980  0.00  0.00    0.015 A
ATOM    17  C UNK A 0    9.431  12.559  -3.359  0.00  0.00    0.058 A
ATOM    18 BR UNK A 0    7.694  12.300  -2.744  0.00  0.00 -0.047 Br
ENDBRANCH  10  11
ENDBRANCH 9  10
TORSDOF 2

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1楼 2008-10-28 12:27:18

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foradun

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虫号: 566125

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！

看你用什么软件读取pdb，你这个pdb在autodock中应该可以使用，但是在老板的ds里，br会被认成分离的原子，这是因为不同的软件兼容的格式不同。你这个pdb是要给什么软件读的？

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2楼2008-11-03 09:43:51

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