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lifei_dut金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】如何修改配体的pdb文件呢？
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请问如果配体的pdb文件中存在溴原子？我改如何修改呢？ 我将生成pdb文件中的B改为BR,结果发现溴原子都变成单独的了。没有连接成键？请大家帮帮忙 REMARK 2 active torsions: REMARK status: ('A' for Active; 'I' for Inactive) REMARK 1 A between atoms: C_9 and O_10 REMARK 2 A between atoms: C_11 and O_10 ROOT ATOM 1 BR UNK A 0 10.815 16.578 2.824 0.00 0.00 -0.049 Br ATOM 2 BR UNK A 0 8.111 17.503 -2.102 0.00 0.00 -0.047 Br ATOM 3 BR UNK A 0 11.477 13.949 2.057 0.00 0.00 -0.049 Br ATOM 4 C UNK A 0 10.516 14.860 0.748 0.00 0.00 0.043 A ATOM 5 C UNK A 0 10.192 16.147 1.126 0.00 0.00 0.042 A ATOM 6 C UNK A 0 9.478 16.992 0.303 0.00 0.00 0.016 A ATOM 7 C UNK A 0 9.104 16.462 -0.923 0.00 0.00 0.058 A ATOM 8 C UNK A 0 10.163 14.326 -0.472 0.00 0.00 0.032 A ATOM 9 C UNK A 0 9.435 15.172 -1.329 0.00 0.00 0.107 A ENDROOT BRANCH 9 10 ATOM 10 O UNK A 0 9.114 14.827 -2.636 0.00 0.00 -0.306 OA BRANCH 10 11 ATOM 11 C UNK A 0 9.940 13.842 -3.170 0.00 0.00 0.106 A ATOM 12 C UNK A 0 11.223 14.166 -3.623 0.00 0.00 0.026 A ATOM 13 C UNK A 0 11.970 13.173 -4.260 0.00 0.00 0.009 A ATOM 14 C UNK A 0 11.422 11.913 -4.413 0.00 0.00 0.035 A ATOM 15 BR UNK A 0 12.451 10.607 -5.259 0.00 0.00 -0.049 Br ATOM 16 C UNK A 0 10.153 11.562 -3.980 0.00 0.00 0.015 A ATOM 17 C UNK A 0 9.431 12.559 -3.359 0.00 0.00 0.058 A ATOM 18 BR UNK A 0 7.694 12.300 -2.744 0.00 0.00 -0.047 Br ENDBRANCH 10 11 ENDBRANCH 9 10 TORSDOF 2 |
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