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peng85722

木虫 (小有名气)

[交流] 具有范德华力的分子晶体结构优化

各位虫子好,
最近在用vasp优化分子晶体,考虑了范德华力修正,优化用的ISIF=3,但是出来的原子位置不对,晶胞参数也与实验值发生很大偏差。我还尝试用实验晶格常数,采用ISIF=2,原子位置也是优化乱了。请问有经验的各位能否给些建议,是需要采用其他计算方法,比如杂化泛函还是用其他的计算软件。
谢谢!
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1.EDIFFG可以再调小一点 例如 -0.01
2.你没有用vdw-DF functional啊,你是用了semi-empirical的Grimme的修正(DFT-D2)。
3.还有可能是你研究的材料本身的因素,如果你的energy surface太平了,有很多local minimal,那么也就是说有可能你的结构在室温下dynamics 很强 甚至是有disorder的,但实验的结构可能是一个average。另外你可以看看实验值结果怎么出来的,一般含有C H N这些light elements,用XRD的话不会特别准确,可能要做synchronchron XRD 或者 neutron diffraction,此时的话有偏差是正常的。

VDW-DF设置参见:
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp ... undqvist_et_al.html

计算VDW-DF时要把vdw_kernel.bindat放在你的计算的文件夹里

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14楼2016-05-16 03:00:07
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peng85722

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by klskyqh at 2016-04-30 12:58:32
还有加u可能也有影响
...

没有过渡金属元素也要加U吗
5楼2016-04-30 16:26:13
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普通回帖

jmlv

金虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
peng85722: 金币+5 2016-04-30 16:28:20
我计算最多的是金属晶体,加范德华力修正,计算没问题的。
分子晶体是指哪类晶体?
2楼2016-04-29 14:32:44
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klskyqh

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
peng85722: 金币+1 2016-04-30 16:27:20
peng85722: 金币+4 2016-04-30 16:27:32
peng85722: 金币+5 2016-04-30 16:27:43
hse算试试?

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-04-30 12:56:20
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klskyqh

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by klskyqh at 2016-04-30 12:56:20
hse算试试?

还有加u可能也有影响

发自小木虫IOS客户端
4楼2016-04-30 12:58:32
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peng85722

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jmlv at 2016-04-29 14:32:44
我计算最多的是金属晶体,加范德华力修正,计算没问题的。
分子晶体是指哪类晶体?

就是简单含有C,H,N元素的分子晶体,对称性低一些
6楼2016-04-30 16:29:35
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
上传一下结构文件

发自小木虫Android客户端
我们最深的恐惧不是我们能力不够,我们最深的恐惧是能力超越了极限。
7楼2016-04-30 18:38:16
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
vasp有专门考虑vdw的方法。
8楼2016-05-03 14:07:46
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piaoma

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
peng85722: 金币+8 2016-05-04 14:29:36
估计是你哪设错了。我用vasp和QE都算过分子晶体,加了vdw修正,晶格参数都挺好的
9楼2016-05-04 10:49:30
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xiaomir

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
平面波程序优化局域化分子轨道,不擅长,可以尝试局域轨道基组的软件。
比如ATK或者ADF。
10楼2016-05-04 13:23:24
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