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素婕求学

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】有人知道用什么软件可以计算几百个原子系统的activation energy嘛?

用分子动力学模拟得到一些新结构,想知道这些新结构的形成需要多大的activation energy。在一些文献中看到,好像用first-principle theory对应的一些软件如VASP可以计算几十个原子规模的,但是对于几百个原子规模的,我还没找到。哪位大侠知道的话,麻烦指点一下,谢谢~~~~~~~~~~~
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dongyuhui

银虫 (正式写手)

★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):3qq
MS可以啊 ,也可以用服务器算啊
快乐的心
2楼2008-10-28 08:59:46
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素婕求学

铁虫 (小有名气)

谢谢你的回复!!!!!!!!!!!!!

可以说具体一些嘛? 你说的是material studio 这个软件嘛?我没有用过哟,不太了解,是软件自带计算activation energy这样的程序嘛?用这个软件计算几百个原子规模的activation energy,需要多大规模的计算系统呢?单机是不是不行?大概需要几个计算结点呢?
3楼2008-10-29 01:31:02
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quantum999

金虫 (著名写手)


灯塔守望者(金币+1,VIP+0):谢谢支持小木虫
大体系的第一性原理计算可选siesta,dmol
但计算精度要看你的需要了
4楼2008-10-29 08:55:27
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madonion

金虫 (正式写手)


spur(金币+1,VIP+0):3Q!
其实主要得看你的机器和耐心,呵呵
我见过用dmol算700多个c原子的,不过对称性很高。重原子要是几百个估计没戏
可以试试onetep这类线性标度dft,不过我也没用过。
总之,机器要好,没集群至少也得双路8核把
5楼2008-10-29 12:05:42
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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
对,模拟计算对机器的性能要求很高..
少年不识愁滋味,为赋新词强说愁。
6楼2008-10-30 23:04:59
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素婕求学

铁虫 (小有名气)

谢谢楼上各位出谋划策
其实本人还没用过第一性原理相关的软件呢

对于ACTIVATION ENERGY的定义,在经典分子动力学模拟中是否也可以定义为一种结构变化成另一种结构的过程中整体势能的变化值呢?
7楼2008-11-05 01:46:19
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主


jghe(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与
既然你是用分子动力学算的 为了自洽 当然最好也用MD算激活能
就是势垒
静态计算就能算出来 当然可以算出来之后跟第一原理的比较。。。
8楼2008-11-05 23:26:46
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素婕求学

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2008-11-5 23:26:
既然你是用分子动力学算的 为了自洽 当然最好也用MD算激活能
就是势垒
静态计算就能算出来 当然可以算出来之后跟第一原理的比较。。。

---------------------------------------------------------------------------------------------------
非常谢谢你的回复
可以说的更加清楚些嘛?
你说的势垒是不是就是计算得到的势能图中的势能差呢?

你说的静态计算是指分子力学就能算得出来吗?

我是用MD计算中发现了新的结构生成,然后我想知道最初的结构到生成的新结构之间需要多大的activation energy.在计算中我只统计了总能量和势能变化。因为我没查到关于activation energy的具体定义,所以想请各位高手指点一下,万分感谢!
9楼2008-11-06 10:07:25
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
如果你的晶格是均匀变化 可以用不同结构的势能曲线的交点作为势垒
如果不是 那就复杂了 如拉伸等有泊松比的情况
一般比较稳定情况下的能量差就够了
单个原子的扩散迁移或相变的势垒好算 整体的就基本没办法了
10楼2008-11-06 20:06:45
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