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darkreborn

金虫 (正式写手)

[求助] 像Genbank提交序列,工作人员回复说需要修剪,请问怎么修剪啊?

Sequences received from a sequencing company need to be trimmed of any low
quality data at the ends. These do have a high percentage of similarity to
16S but it is only over a portion of the sequence, not the complete sequence.

For example A-0V-1-A: nucleotides 1-42 show no similarity to 16S

Please trim and resubmit. Provide the corrected submission file

请问我该怎么修剪,可以根据Blast的结果来修剪么?只选取Blast的有效序列
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hugeneuron

新虫 (初入文坛)

你打开那个ab1文件看测序峰图。两段峰不好的序列就删掉不要。

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2楼2016-04-28 01:06:24
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darkreborn

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hugeneuron at 2016-04-28 01:06:24
你打开那个ab1文件看测序峰图。两段峰不好的序列就删掉不要。

谢谢哈,东西是师姐的,她已经毕业了,有可能找不到原始文件,怎么办啊

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3楼2016-04-28 07:51:38
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ngatse

新虫 (小有名气)

用dnaman把上下引物序列号两段峰不好的删除

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4楼2016-04-28 12:19:10
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darkreborn

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ngatse at 2016-04-28 12:19:10
用dnaman把上下引物序列号两段峰不好的删除

总算看见个win的软件了,上午我搜索的全是些Linux的,完全没法用

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5楼2016-04-28 13:02:12
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ngatse

新虫 (小有名气)

6楼2016-04-28 13:13:40
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