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chuntao118

新虫 (著名写手)

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[求助] 烷烃分子在MD模拟中的初始速度和模拟的时间步长怎么给定,，最好举例说明一下！已有1人参与

烷烃分子在MD模拟中的初始速度和模拟的时间步长怎么给定,，最好以正己烷为例讲解一下！谢谢！或者提供一下具体的资料。

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1楼 2016-04-21 15:06:47

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kong小夫子

新虫 (初入文坛)

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MS新手一枚，最近在做一些烷烃的md模拟。在ms里分子的初始速度应该是软件自己完成的，不需要自己设定。模拟的步长尽量要短，我一般用默认值1fs，因为对于分子动力学模拟，过大的步长往往不能模拟出真实的分子运动状态，有可能模拟失败。对于其他需要自己编程的商业软件，初始速度参照麦克斯韦-波尔兹曼分布，可以看一看热力学，统计力学，计算材料学之类的书籍，上边有详细的公式

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2楼2016-04-22 11:28:26

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ninitongtong

新虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

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chuntao118: 金币+10, ★有帮助 2016-06-09 21:09:43

引用回帖:

2楼: Originally posted by kong小夫子 at 2016-04-22 11:28:26
MS新手一枚，最近在做一些烷烃的md模拟。在ms里分子的初始速度应该是软件自己完成的，不需要自己设定。模拟的步长尽量要短，我一般用默认值1fs，因为对于分子动力学模拟，过大的步长往往不能模拟出真实的分子运动状 ...

这个是根据化学键的振动频率设定的。烷烃中C-H键的震动频率最快，运动补偿步长应设定为其运动时间的十分之一，也就是在1fs，这样的结果才准确！MS7.0一般时间就是1.0，好像在MS8.0中才可以设为4.0fs

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3楼2016-04-25 15:37:34

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