| 查看: 1589 | 回复: 3 | |||
chuntao118新虫 (著名写手)
|
[求助]
烷烃分子在MD模拟中的初始速度和模拟的时间步长怎么给定,，最好举例说明一下！ 已有1人参与
|
| 烷烃分子在MD模拟中的初始速度和模拟的时间步长怎么给定,，最好以正己烷为例讲解一下！谢谢！或者提供一下具体的资料。 |
回复此楼» 猜你喜欢
291分调剂
已经有9人回复
-
调剂求收留
已经有34人回复
-
291 求调剂
已经有38人回复
-
22408 312求调剂
已经有17人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有6人回复
-
290调剂生物0860
已经有41人回复
-
291求调剂
已经有3人回复
-
211本科材料化工求调剂
已经有23人回复
-
山东省基金2026
已经有9人回复
-
药学求调剂
已经有13人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
|
MS新手一枚，最近在做一些烷烃的md模拟。在ms里分子的初始速度应该是软件自己完成的，不需要自己设定。模拟的步长尽量要短，我一般用默认值1fs，因为对于分子动力学模拟，过大的步长往往不能模拟出真实的分子运动状态，有可能模拟失败。对于其他需要自己编程的商业软件，初始速度参照麦克斯韦-波尔兹曼分布，可以看一看热力学，统计力学，计算材料学之类的书籍，上边有详细的公式 发自小木虫IOS客户端 |
2楼2016-04-22 11:28:26
ninitongtong
新虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 767.9
- 散金: 20
- 红花: 2
- 帖子: 157
- 在线: 63.2小时
- 虫号: 3583642
- 注册: 2014-12-08
- 性别: GG
- 专业: 塑料
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chuntao118: 金币+10, ★有帮助 2016-06-09 21:09:43
chuntao118: 金币+10, ★有帮助 2016-06-09 21:09:43
|
这个是根据化学键的振动频率设定的。烷烃中C-H键的震动频率最快，运动补偿步长应设定为其运动时间的十分之一，也就是在1fs，这样的结果才准确！MS7.0一般时间就是1.0，好像在MS8.0中才可以设为4.0fs 发自小木虫Android客户端 |
3楼2016-04-25 15:37:34
q643981467
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 498.5
- 散金: 5
- 红花: 1
- 帖子: 130
- 在线: 6小时
- 虫号: 8547787
- 注册: 2018-04-17
- 专业: 石油天然气开采
4楼2019-09-08 09:49:21
