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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟氧化铝晶体生长的分子动力学模拟
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jianqi1220

木虫 (小有名气)

[求助] MS模拟氧化铝晶体生长的分子动力学模拟 已有5人参与

新手求助：最近在用MS的forcite模块做氧化铝晶体生长的模拟时遇到以下问题，求大神解答：
1.在搭建好晶体模型以后，如何进行熔化模拟，之前熔化模拟用forcite的dynamics进行计算，温度设的比熔点要高很多，NVT、NVE、NPT系综都用过，步长是0.01fs，5000步，但是运算的结果跟原晶胞没变化，看文献里有用到温度梯度的，不知道是哪一个模块？
2.在构建layers时，layer1、2、3之间的真空层厚度参数虽然改变了，但实际出的layers里没有改变，，cleave改成atoms也没有什么用。求问还有哪里的参数要注意？@oxox6085@smutao
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1楼 2016-04-17 22:57:29
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fyz_ok

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ms 不能做温度梯度的模拟吧
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jianqi1220
3楼2016-04-18 09:08:43
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jianqi1220: 金币+50, ★有帮助 2016-04-20 15:29:51
引用回帖:
4楼: Originally posted by jianqi1220 at 2016-04-18 11:04:46
谢谢您，能请教一下动力学模拟中用到势函数（如Tersoff势函数），以及速度算法（如verlet算法）。根据势函数、初始状态，就可以求出下一时刻的位置和速率信息是MS里的哪一个模块功能吗？...

Tersoff势函数在GULP模块中有。
速度算法（如verlet算法）是系统基本的内置函数，只要能做动力学模拟的模块，都有的。
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jianqi1220
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
6楼2016-04-18 11:48:03
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普通回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
0.01fs*5000步=50fs，时间太短了
动力学过程用温度梯度的是annealing过程

其他的我解决不了。。。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

jianqi1220
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2016-04-18 08:54:49
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jianqi1220

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2016-04-18 08:54:49
0.01fs*5000步=50fs，时间太短了
动力学过程用温度梯度的是annealing过程

其他的我解决不了。。。

谢谢您，能请教一下动力学模拟中用到势函数（如Tersoff势函数），以及速度算法（如verlet算法）。根据势函数、初始状态，就可以求出下一时刻的位置和速率信息是MS里的哪一个模块功能吗？
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4楼2016-04-18 11:04:46
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jianqi1220

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by fyz_ok at 2016-04-18 09:08:43
ms 不能做温度梯度的模拟吧

谢谢您，新手不是很懂，看文献里好像可以，只是在forcite里没有找到相关选项
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5楼2016-04-18 11:07:19
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青大柯尔斯滕

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主好，我最近在用forcite做水合物的热解，每10K做一次MD，请问我如何才能找到融点，老师说是做一个delta2，取最高点为融点，没明白啊，求助
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7楼2016-04-19 15:44:24
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jianqi1220

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-04-18 11:48:03
Tersoff势函数在GULP模块中有。
速度算法（如verlet算法）是系统基本的内置函数，只要能做动力学模拟的模块，都有的。...

谢谢您，请问速度算法是默认的吗，还是可以选择的，如果是可以选择的，想请教一下一般在哪些选项里，比如在forcite模块下的哪里？
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8楼2016-04-19 20:27:40
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jianqi1220

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 青大柯尔斯滕 at 2016-04-19 15:44:24
楼主好，我最近在用forcite做水合物的热解，每10K做一次MD，请问我如何才能找到融点，老师说是做一个delta2，取最高点为融点，没明白啊，求助

我也是刚刚入手，不是很懂，熔点是从文献里选的。你可以搜索这个版块下跟delta有关的帖子，看有没有有用的。或者开帖问。
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9楼2016-04-19 20:31:39
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jianqi1220 at 2016-04-19 20:27:40
谢谢您，请问速度算法是默认的吗，还是可以选择的，如果是可以选择的，想请教一下一般在哪些选项里，比如在forcite模块下的哪里？...

在MS中是不能自己选择的。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
10楼2016-04-19 21:34:43
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