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w824194485

木虫 (正式写手)

[求助] 二面角扫面 已有2人参与

我的输入文件如下,为什么在D1到D6找不到我要扫描的的二面角4657
Title Card Required

0 1
C              
F                  1            B1
F                  1            B2    2            A1
O                  1            B3    2            A2    3            D1    0
N                  4            B4    1            A3    2            D2    0
C                  4            B5    1            A4    5            D3    0
N                  5            B6    4            A5    1            D4    0
N                  7            B7    5            A6    4            D5    0
H                  1            B8    6            A7    4            D6    0

   B1             1.34399551
   B2             1.36217775
   B3             2.42630752
   B4             2.33129473
   B5             1.19625019
   B6             1.24557508
   B7             1.11711133
   B8             1.09322378
   A1           108.48370697
   A2            86.51574541
   A3            60.71814183
   A4            31.57160303
   A5            90.56172923
   A6           174.82318505
   A7           112.45828129
   D1          -111.58954069
   D2          -165.44660394
   D3             0.20918779
   D4          -177.28766443
   D5          -179.00672752
   D6           137.79797544

二面角扫面
1.jpg
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我就是我
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likun_2008

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
扫描二面角的时候,你要保证二面角两侧的原子序号不能交叉,不然你修改內坐标参考的原子的时候就没法弄了,这跟你画图顺序有关系,
你把右边四个原子序号依次1-2-3-4,中间4改成5,6不变,左边三个依次,9-8-7,那样,你要扫描的二面角就是,5-6-7-8了

发自小木虫Android客户端
互相帮助,互相学习
2楼2016-04-17 07:38:20
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
需要对原子序号进行重排,目的是把你需要的二面角“4-6-5-7”在内坐标中表示出来。要注意的是内坐标的键长键角的定义中原子序号要从大到小排,即与目标原子相关联的原子应在目标原子之前定义,所以你要把4-6-5-7变成类似7-6-5-4的排列方式。
另外一种形式比较方便:用直角坐标定义分子,之后再定义需要扫描的二面角就没有上述的限制了。
3楼2016-04-18 11:55:02
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