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新虫 (小有名气)

[求助] 通过CDS找其在全基因中的位置已有1人参与

最近对细菌进行了全基因组测序（未提交到NCBI)，在KEGG数据文件内找到了我要研究的基因的名称，根据其中提供的基因序号在CDS文件内找到了该基因的CDS序列，但是在全基因序列文件里却找不到该基因的位置，我想找到他在全基因的位置设置引物扩增。求大神的帮助。

1楼 2016-04-13 20:22:16

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铁杆木虫 (著名写手)

一般注释得到的CDS文件内会有对应基因组位置相关信息。没有的话，也可以自己做本地blast查找。

2楼2016-04-19 16:11:48

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新虫 (小有名气)

引用回帖:

2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-19 16:11:48
一般注释得到的CDS文件内会有对应基因组位置相关信息。没有的话，也可以自己做本地blast查找。

嗯嗯已经解决了，原来是注释的CDS根据其位置信息在全基因组中找到的是他的反向互补序列，所以之前一直找不到

发自小木虫Android客户端

3楼2016-04-19 20:03:51

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