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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps计算得到的msd数据如何提取？
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] lammps计算得到的msd数据如何提取？ 已有2人参与

lammps计算了MSD后，得到如下数据，这些数据里每一次计算有4个msd，即沿着x，y，z方向的msd以及总的msd。这4个msd即对应下面的1，2，3，4. 如果我只需要总的msd，我如何提取呢？
50500        4
1        0.0992681
2        0.101115
3        0.095035
4        0.295418
51000        4
1        0.116611
2        0.11758
3        0.106004
4        0.340195
51500        4
1        0.129332
2        0.134885
3        0.119981
4        0.384198
52000        4
1        0.140939
2        0.146149
3        0.130438
4        0.417526
52500        4
1        0.153138
2        0.157386
3        0.142023
4        0.452547
53000        4
1        0.162548
2        0.166537
3        0.151205
4        0.480289
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1楼 2016-04-11 16:20:10
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主若使用linux，可以使用sed命令，即每5行输出一个数值
sed -n '0~5p' filename
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2楼2016-04-12 00:28:54
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wangsoft

木虫 (正式写手)
把每次计算的第四个值输出到文件

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-04-12 07:38:08
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一次性保温杯

金虫 (小有名气)
复制粘贴不行吗
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4楼2016-04-12 15:49:28
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mileyfan

新虫 (小有名气)
楼主你好，请问这是用 compute msd 语句算的么？
这个结果在哪个输出文件了找啊？
谢谢！！
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5楼2016-04-13 09:19:37
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by mileyfan at 2016-04-12 19:19:37
楼主你好，请问这是用 compute msd 语句算的么？
这个结果在哪个输出文件了找啊？
谢谢！！

compute负责计算的定义，fix(ave/time, ave/spatial, ave/chunks)负责结果的输出。
不知楼上是否定义了相关的fix？
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6楼2016-04-14 23:45:56
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-14 23:45:56
compute负责计算的定义，fix(ave/time, ave/spatial, ave/chunks)负责结果的输出。
不知楼上是否定义了相关的fix？...

lammps计算了MSD后，得到数据里每一次计算有4个msd，即沿着x，y，z方向的msd以及总的msd。请问我如何只输出总的msd？或者让这四个数据排成一个横排？
要不然后期处理数据麻烦。
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7楼2016-04-15 08:26:12
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by mileyfan at 2016-04-13 09:19:37
楼主你好，请问这是用 compute msd 语句算的么？
这个结果在哪个输出文件了找啊？
谢谢！！

可以用fix ave/time 输出到一个单独文件里
也可以用thermo_style输出在log文件里
命令的具体用法请参照手册
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8楼2016-04-15 14:17:52
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20100707416

木虫 (正式写手)
使用fix vector 命令

发自小木虫Android客户端
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9楼2016-04-15 18:52:55
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20100707416

木虫 (正式写手)
可以直接分列！参考手册中的msd或粘度计算事例即可

发自小木虫Android客户端
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10楼2016-04-15 18:53:59
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