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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 关于苹果cbf基因测序的问题
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华音流韶

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于苹果cbf基因测序的问题 已有1人参与

请问一下，我要比较不同地方的苹果低温下cbf基因表达量分析和生物学信息分析，是不是就先测各地苹果cbf基因全长，进行生物学信息分析，然后做荧光定量测表达量呢？
cbf基因里还有cbf1、cbf2、cbf3等小基因，是不是在全长里就能看出来有那几个小基因呢？
谢谢

@biostar2009 @飞约疯人院 @wizardfan 发自小木虫IOS客户端
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1楼 2016-04-10 23:17:36
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果是不同的苹果品种，那CBF基因序列应该有差异，响应低温及表达量可能都存在差异，可以参考已知苹果基因组序列或已知苹果的CBF序列设计引物扩增相应品种的CBF基因，CBF基因家族有多个成员，通过普通PCR是很难将几个成员同时扩出来的，而如果是用mRNA反转录成cDNA做模板扩，特定引物一般只能扩出单个成员。感觉你对分子这块知识理解的不透，不存在CBF小基因一说。
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华音流韶
2楼2016-04-10 23:55:43
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华音流韶

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
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2楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-10 23:55:43
如果是不同的苹果品种，那CBF基因序列应该有差异，响应低温及表达量可能都存在差异，可以参考已知苹果基因组序列或已知苹果的CBF序列设计引物扩增相应品种的CBF基因，CBF基因家族有多个成员，通过普通PCR是很难将几 ...

谢谢，我就是没理解好，做的同一个品种
我现在不知道它能有那个几个cbf基因表达，那我就要提取rna，然后分别设计4种cbf基因的引物来反转录cdna，最后测cbf1~4基因的全长吗？

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3楼2016-04-11 00:01:30
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 华音流韶 at 2016-04-11 00:01:30
谢谢，我就是没理解好，做的同一个品种
我现在不知道它能有那个几个cbf基因表达，那我就要提取rna，然后分别设计4种cbf基因的引物来反转录cdna，最后测cbf1~4基因的全长吗？
...

是的
得到全长后，根据四种CBF基因序列设计各自的特异引物，再用不同地区的材料做定量分析。但是如果是同一品种，即使生长地域不同，你做相同处理的话，几种材料的表达量可能没有太大差别。
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华音流韶
4楼2016-04-11 14:13:09
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华音流韶

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2016-04-11 14:13:09
是的
得到全长后，根据四种CBF基因序列设计各自的特异引物，再用不同地区的材料做定量分析。但是如果是同一品种，即使生长地域不同，你做相同处理的话，几种材料的表达量可能没有太大差别。...

那比如我做四个地方的，等于每个地方都要设计四个cbf基因引物，然后一共获得16个cbf基因的全长？感觉量有些大啊……是这样吗？

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5楼2016-04-11 15:30:44
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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华音流韶: 金币+100, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2016-04-13 11:51:10
引用回帖:
5楼: Originally posted by 华音流韶 at 2016-04-11 15:30:44
那比如我做四个地方的，等于每个地方都要设计四个cbf基因引物，然后一共获得16个cbf基因的全长？感觉量有些大啊……是这样吗？
...

如果是相同品种，即使是不同地方的，CBF基因序列应该一样的。一共需获得四条。
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6楼2016-04-11 22:10:13
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1272356152

新虫 (正式写手)
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nono2009: 金币-20, 屏蔽内容, 违规存档, 严禁回帖宣传QQ群 2016-04-13 15:08:58
本帖内容被屏蔽
7楼2016-04-12 08:41:23
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