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小鹿3姐

新虫 (初入文坛)

[交流] 引物问题 已有4人参与

我设计了一对引物上游是A下游是B,现在我想再扩增长一点,让下游B继续做下游引物,但在B的后面设计一条上游C,B和C两个来扩增,可以吗?
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juliet6303

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by 小鹿3姐 at 2016-04-07 18:00:13
可是为什么B就只能朝3‘端呢,把双链反过来不是BC也一样了吗...

以下转自维基百科:
DNA链是具有方向性的,对于DNA的一条单链来说,它的两个末端分别被命名为“3'端”和“5'端”。DNA两条单链的结构之所以被描述为“反向平行双螺旋”,其中的“反向”即指两条单链中,一条链的方向是从3'端到5'端,而另一条则相反,是从5’端到3’端。5和3指的是在一个脱氧核糖中连接着相邻的磷酸基团的两个碳原子。方向性对于DNA合成有重要的意义,因为在DNA合成的过程中,DNA聚合酶只能向3'端的方向添加新的脱氧核糖核苷酸。

DNA中两条链的碱基是通过氢键连接实现一一配对的,这意味着一个DNA中的两条单链都包含着完全相同的信息。这样,一条单链中的核苷酸可以用来重建互补链中预期相对的核苷酸。

所以,回到你的问题,把B和C都反过来,可以做PCR,理论上也能扩增出片段,但是,序列是彻底反的,是反向不互补,还是方向性问题; 如果实在不想重新合成引物,PCR产物后续也不作其他实验的话,可以做,也可以测序,结果,反过来就是了。

不知你明白了没有,画个图看看就知道了
12楼2016-04-07 21:12:42
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任我逍遥江南

铜虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我试过4条或6条引物的,你这个,不好说

发自小木虫Android客户端
2楼2016-04-07 14:34:09
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小鹿3姐

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 任我逍遥江南 at 2016-04-07 14:34:09
我试过4条或6条引物的,你这个,不好说

是下游引物的方向问题,我以为下游引物只能朝左边延伸,右边可以吗
3楼2016-04-07 15:44:15
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任我逍遥江南

铜虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小鹿3姐 at 2016-04-07 15:44:15
是下游引物的方向问题,我以为下游引物只能朝左边延伸,右边可以吗...

你是不是这个意思,理论上讲是可以的,但我不清楚A和C 同时向B 方向延伸有什么影响
引物问题



发自小木虫Android客户端
4楼2016-04-07 16:00:33
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