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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps模拟前的建模
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凉yeah

铜虫 (小有名气)

[求助] lammps模拟前的建模 已有1人参与

在用lammps进行分子动力学模拟时，石英玻璃的模型怎么建立？应该怎么写程序啊？
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1楼 2016-04-03 15:49:07
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zzyhyuan

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有几种方法可以试的：
1. 去找SiO2的CIF文件，比如 a-quart (a_quartz_2300370.cif)，或 beta_Crystobalit (beta_Crystobalit_1010944.cif)
这些个晶体文件。在：
http://www.crystallography.net/search.html
把后面那串数字当 COD ID 进行搜索就能找到了你要的结构了。

2. 自己写个程序，按组分比和密度，随机生成一定数量的分子，放入立方盒子，注意控制任意2原子的间距最好在1.5以上，这样你就得到了个随机分布的结构了。
程序思路是：随机生成一个坐标，并不断跟之前生成的坐标求距离，保证距离大于1.5，另外注意盒子的尺寸是由原子质量除于密度得到的。这个应该不算太难的
-------------------------------------------------

得到结构后只要将结构在高温下 熔融-再降温，就能得到玻璃了。
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原来爱本身可爱在于束缚
7楼2016-04-05 18:07:34
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普通回帖

凉yeah

铜虫 (小有名气)
2楼2016-04-03 15:50:57
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凉yeah

铜虫 (小有名气)
3楼2016-04-03 15:52:31
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凉yeah

铜虫 (小有名气)
帮帮忙，谢谢 啊
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4楼2016-04-03 15:58:23
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lvxinyuabc
Ms

发自小木虫Android客户端
5楼2016-04-05 00:42:43
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chen4330453

新虫 (初入文坛)
ms中不是有石英的模型吗？你是做什么的

发自小木虫Android客户端
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6楼2016-04-05 10:54:50
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zzyhyuan

木虫 (著名写手)
哦，对了，如果不想写程序，还可以试试使用 Aten ，里面有随机生成 H2O 的例子，用来生成  SiO2 也是没问题的，而且那个软件可以直接导出 lammps.input
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原来爱本身可爱在于束缚
8楼2016-04-05 18:09:36
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凉yeah

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by chen4330453 at 2016-04-05 10:54:50
ms中不是有石英的模型吗？你是做什么的

刚开始学，还没用过ms，好像装软件的时候licence文件一直装不上。老师让我做ceo2划石英玻璃的反应动力学方面。。。。。
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9楼2016-04-06 12:38:08
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凉yeah

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zzyhyuan at 2016-04-05 18:09:36
哦，对了，如果不想写程序，还可以试试使用 Aten ，里面有随机生成 H2O 的例子，用来生成  SiO2 也是没问题的，而且那个软件可以直接导出 lammps.input

谢谢你。
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10楼2016-04-06 12:39:36
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