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Am Melody

银虫 (小有名气)

[求助] “天河二号”上计算cl-neb出错 已有1人参与

我在“天河二号”上计算cl-neb,刚开始我算的一个任务IMAGES设的是1,可以顺利算完,但我把IMAGES改成5后算两步不到一分钟就出错退出,我想是否跟我并行的核数有关,之前看小木虫上有前辈说到计算的cpu核心数需要是IMAGES的整数倍,(“天河二号”上一个节点是24核)于是我改成一个节点、并行20核,还有2个节点、并行40核,结果还是一样的出错退出计算,以下是slurm-174172.out里面的内容,投的几次都是一样的出错信息,求大神帮忙支招。
M_divide: can not subdivide           24 nodes by           5
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Fatal error in MPI_Topo_test: Invalid communicator, error stack:
MPI_Topo_test(125): MPI_Topo_test(MPI_COMM_NULL, topo_type=0x7fff3b557f04) failed
MPI_Topo_test(76).: Null communicator
Fatal error in MPI_Topo_test: Invalid communicator, error stack:
MPI_Topo_test(125): MPI_Topo_test(MPI_COMM_NULL, topo_type=0x7fffc1f20c84) failed
MPI_Topo_test(76).: Null communicator
Fatal error in MPI_Topo_test: Invalid communicator, error stack:
MPI_Topo_test(125): MPI_Topo_test(MPI_COMM_NULL, topo_type=0x7fff7ae64b04) failed
MPI_Topo_test(76).: Null communicator
Fatal error in MPI_Topo_test: Invalid communicator, error stack:
MPI_Topo_test(125): MPI_Topo_test(MPI_COMM_NULL, topo_type=0x7fffe7806a04) failed
MPI_Topo_test(76).: Null communicator
yhrun: error: cn7699: tasks 20-23: Exited with exit code 1
yhrun: First task exited 60s ago
yhrun: tasks 0-19: running
yhrun: tasks 20-23: exited abnormally
yhrun: Terminating job step 174172.0
slurmd[cn7699]: *** STEP 174172.0 KILLED AT 2016-04-01T20:45:58 WITH SIGNAL 9 ***
yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
slurmd[cn7699]: *** STEP 174172.0 KILLED AT 2016-04-01T20:45:58 WITH SIGNAL 9 ***
yhrun: error: cn7699: tasks 0-19: Killed
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使沙漠显得美丽的,是它在什么地方藏着一口水井。
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冰凌sunshine

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也遇到了这样的问题,但是我把INCAR中NPAR关掉就可以了
4楼2018-01-17 11:49:01
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andavid2007

新虫 (正式写手)

用25个node,或者用6个image

发自小木虫Android客户端
2楼2016-04-01 22:45:05
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jackjiejl

木虫 (小有名气)

加油
3楼2016-04-02 12:27:58
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