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wangxiao209

铁虫 (小有名气)

[交流] 求助:关于引物的检测评价

想用RT-PCR的方法,其中引物设计完后在BLAST中要进行比对,但出来结果后不知道怎样的标准可以评价引物的好坏。我也知道得分越高越好,可是我想知道她的底线,即score是多少,或是E值在什么范围内就可以用?由于本虫子这方面的基础不好,还请高手详细指教啊!谢谢!
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shenye.judy

木虫 (正式写手)

引物到底好不好,只有实验说明问题。
一般不能有发夹结构,引物之间的配对尽量选最小的,3‘端要提高结合力等。
用oligo设计的话,可能好些吧。
以前有不少帖子讲引物设计的,搜一下吧!
2楼2008-10-21 16:45:14
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wangxiao209

铁虫 (小有名气)

首先感谢你的回复,但是不是引物设计完后都要经过BLAST 的吗?想问下那个怎么分析?
3楼2008-10-21 16:56:17
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