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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后，原子显示不全
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开水白菜2

木虫 (正式写手)

[求助] 用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后，原子显示不全 已有1人参与

用VASP对晶体结构优化完成后，将r32里面的contar通过vesta转化为cif格式，然后在MS中打开，原子显示不全，该怎么办？？在vesta里面就显示不全，然后通过boundary调整好了，移进MS中又不行了。我是想导入ms中切晶体表面的。

用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后，原子显示不全
优化后导入vesta中.png


用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后，原子显示不全-1
导入vesta后修改boundary.png


用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后，原子显示不全-2
修改boundary后在MS中打开.jpg
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世事如常常如是，岁岁亦秋秋易碎。
1楼 2016-03-20 10:19:03
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zszguangdian

银虫 (小有名气)
干嘛不直接导入ms，vasp2arc可以导出arc文件，直接拖进ms即可。ms做好的文件保存成cif，用vesta直接转成poscar。

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3楼2016-03-20 11:00:17
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普通回帖

zszguangdian

银虫 (小有名气)
施加对称性即可

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2楼2016-03-20 10:57:24
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zszguangdian

银虫 (小有名气)
symmetry，  find symmetry，应用即可。

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4楼2016-03-20 11:01:30
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zszguangdian

银虫 (小有名气)
最后攻占五楼。

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5楼2016-03-20 11:01:46
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
开水白菜2: 金币+5, ★有帮助 2016-03-21 10:03:40
不影响切面，原子并未丢失，只是显示的问题罢了
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6楼2016-03-20 12:59:37
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开水白菜2

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zszguangdian at 2016-03-20 11:00:17
干嘛不直接导入ms，vasp2arc可以导出arc文件，直接拖进ms即可。ms做好的文件保存成cif，用vesta直接转成poscar。

arc文件我没有用过，不熟悉呀，只知道用cif格式打开MS的。我找到了symmetry，  find symmetry，可是还不行呢，点击了没有反应，这是怎么回事，我每个选项都试了。
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世事如常常如是，岁岁亦秋秋易碎。
7楼2016-03-20 13:38:55
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开水白菜2

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2016-03-20 12:59:37
不影响切面，原子并未丢失，只是显示的问题罢了

我这个就丢了1个氧原子呀，在cell里面本来有24个O的，后来显示23个。
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世事如常常如是，岁岁亦秋秋易碎。
8楼2016-03-20 13:40:19
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开水白菜2

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2016-03-20 12:59:37
不影响切面，原子并未丢失，只是显示的问题罢了

就这样的
用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后，原子显示不全-3
切面图.png
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世事如常常如是，岁岁亦秋秋易碎。
9楼2016-03-20 13:53:02
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开水白菜2

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 开水白菜2 at 2016-03-20 13:38:55
arc文件我没有用过，不熟悉呀，只知道用cif格式打开MS的。我找到了symmetry，  find symmetry，可是还不行呢，点击了没有反应，这是怎么回事，我每个选项都试了。...

抱歉，刚才没有弄清楚，是有变化的，但不是想要的，您给看看。
用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后，原子显示不全-4
修改后的图.png


用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后，原子显示不全-5
需要的图.png


用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后，原子显示不全-6
原图.png
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世事如常常如是，岁岁亦秋秋易碎。
10楼2016-03-20 14:05:28
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