24小时热门版块排行榜    

查看: 4427  |  回复: 15

开水白菜2

木虫 (正式写手)

[求助] 用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后,原子显示不全 已有1人参与

用VASP对晶体结构优化完成后,将r32里面的contar通过vesta转化为cif格式,然后在MS中打开,原子显示不全,该怎么办??在vesta里面就显示不全,然后通过boundary调整好了,移进MS中又不行了。我是想导入ms中切晶体表面的。

用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后,原子显示不全
优化后导入vesta中.png


用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后,原子显示不全-1
导入vesta后修改boundary.png


用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后,原子显示不全-2
修改boundary后在MS中打开.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

世事如常常如是,岁岁亦秋秋易碎。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zszguangdian

银虫 (小有名气)

干嘛不直接导入ms,vasp2arc可以导出arc文件,直接拖进ms即可。ms做好的文件保存成cif,用vesta直接转成poscar。

发自小木虫Android客户端
3楼2016-03-20 11:00:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

zszguangdian

银虫 (小有名气)

2楼2016-03-20 10:57:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zszguangdian

银虫 (小有名气)

symmetry,  find symmetry,应用即可。

发自小木虫Android客户端
4楼2016-03-20 11:01:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zszguangdian

银虫 (小有名气)

5楼2016-03-20 11:01:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
开水白菜2: 金币+5, 有帮助 2016-03-21 10:03:40
不影响切面,原子并未丢失,只是显示的问题罢了
6楼2016-03-20 12:59:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

开水白菜2

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zszguangdian at 2016-03-20 11:00:17
干嘛不直接导入ms,vasp2arc可以导出arc文件,直接拖进ms即可。ms做好的文件保存成cif,用vesta直接转成poscar。

arc文件我没有用过,不熟悉呀,只知道用cif格式打开MS的。我找到了symmetry,  find symmetry,可是还不行呢,点击了没有反应,这是怎么回事,我每个选项都试了。
世事如常常如是,岁岁亦秋秋易碎。
7楼2016-03-20 13:38:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

开水白菜2

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2016-03-20 12:59:37
不影响切面,原子并未丢失,只是显示的问题罢了

我这个就丢了1个氧原子呀,在cell里面本来有24个O的,后来显示23个。
世事如常常如是,岁岁亦秋秋易碎。
8楼2016-03-20 13:40:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

开水白菜2

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2016-03-20 12:59:37
不影响切面,原子并未丢失,只是显示的问题罢了

就这样的
用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后,原子显示不全-3
切面图.png

世事如常常如是,岁岁亦秋秋易碎。
9楼2016-03-20 13:53:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

开水白菜2

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 开水白菜2 at 2016-03-20 13:38:55
arc文件我没有用过,不熟悉呀,只知道用cif格式打开MS的。我找到了symmetry,  find symmetry,可是还不行呢,点击了没有反应,这是怎么回事,我每个选项都试了。...

抱歉,刚才没有弄清楚,是有变化的,但不是想要的,您给看看。
用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后,原子显示不全-4
修改后的图.png


用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后,原子显示不全-5
需要的图.png


用VASP对晶体结构优化完成后导入MS中后,原子显示不全-6
原图.png

世事如常常如是,岁岁亦秋秋易碎。
10楼2016-03-20 14:05:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 开水白菜2 的主题更新
信息提示
请填处理意见