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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 图片中最后一个exon中符号"<"是什么意思，求解
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xvirus

新虫 (初入文坛)

[求助] 图片中最后一个exon中符号"<"是什么意思，求解 已有1人参与

如题

图片中最后一个exon中符号"<"是什么意思，求解
cds.jpg
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1楼 2016-03-17 01:08:46
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ken19860823

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
断裂基因百度下，那个是外显子在一个基因中的相对位置，比如你设定基因序列是1到20kb，那么外显子就可能是24-500,2000-2150。一般来说基因大小从几KB到几百KB不等，但是为什么蛋白质都是100多个氨基酸到2000个氨基酸呢，所以说基因中的有效序列（Coding sequence。CDS)约几百到几千bp与基因的几千kb之间的矛盾就是内含子啊，utr啊，括号中的是CDS的序列位置。
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做基因修饰的老菜鸡
3楼2016-03-17 11:44:33
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xvirus

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ken19860823 at 2016-03-17 11:44:33
断裂基因百度下，那个是外显子在一个基因中的相对位置，比如你设定基因序列是1到20kb，那么外显子就可能是24-500,2000-2150。一般来说基因大小从几KB到几百KB不等，但是为什么蛋白质都是100多个氨基酸到2000个氨基酸 ...

我知道真核生物的断裂基因，理论上NCBI上CDS的位置都是确定的，包括不同的isoform。我现在遇到的问题是mRNA中给出的完整CDS序列比基因组中给出的CDS区域要多很多碱基，这部分碱基也match不到基因组中，blast的结果只是和mRNA完全匹配，所以不知道最后一个exon中符号“<”的意思，以及多出来的那部分在基因组中的位置。
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4楼2016-03-18 10:17:20
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