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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 化学化工区 » 分析 » 质谱分析 » 在华大测了个LC_MS，然后现在只有excel表不会分析，求哪位大神指导
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lottecray

银虫 (小有名气)

[求助] 在华大测了个LC_MS，然后现在只有excel表不会分析，求哪位大神指导 已有1人参与

一个肽段出现了多次（同样的情况很多，即同一肽段出现许多次，且这些肽段都包含很多S、T位点），后面的标注是Phospho (ST)，但是每一行这个肽段的分值却又不一样，这是为什么呢？而且这个肽段中有多个S, T位点，是不是说这几个位点都是磷酸化位点呢？如果是这样，那几乎所有该蛋白的S/T位点都被认为是磷酸化位点了，用软件预测都能够排除大部分S/T位点，还是说有什么我没注意到的信息，或者办法能帮我缩小范围，指定到该肽段上的某几个位点呢？
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  • 附件 1 : 磷酸化位点.xlsx
    • 2016-03-16 11:25:07, 9.99 K

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1楼 2016-03-16 11:22:02
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zouyu1006

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
2楼2018-01-17 00:24:49
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紫筱枫影

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我看了你的excel，是这样的：磷酸化修饰位点在STY上，酶切后质谱检索该修饰。
你这一个肽段没有切开，里面有多个位点，质谱不能确定在哪个位点上（实际上二级质谱可以确定是哪个氨基酸上，但表格里不显示，要自己看着算一下，我这边的表格也是标注出来不能确定位点，我都是自己算一下）。
通过跟没有磷酸化修饰的该肽段对比，可以确定几个修饰。二级质谱分析，可以确定在哪个氨基酸上。找华大要该肽段的二级吧。另外把没有修饰的该肽段信息要下来。
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3楼2018-01-18 15:16:58
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