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[交流]
如何在天河二号上安装和运行VASP5.2~5.3 已有24人参与
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VASP恐怕是现阶段国内从事材料科学研究的工作者最常使用的软件了。打个不完全恰当的比喻：材料科学软件用户共一石，商业软件用户独占九斗；VASP、高斯得八斗，其余共分一斗。 遗憾的是，传言该软件只对学术用户出售而不对国内的超算中心出售，要想在Top500六连冠的天河二号上畅用该商业软件，希望比较渺茫了。 万幸安装挺简单。其实如果你的课题组已经买有安装包的话，自己安装也不是什么难事。我的课题组是购买有这个软件的，我也是一路各个版本用过来了，多少还是熟悉的，前阵子就在天河二号上都编译和测试了一下。现将我的编译过程及运行方法告诉大家，就如何在天河二号上用好VASP交流交流。 VASP5.2~5.3各个版本的框架是大同小异的，就都在本帖子中介绍。VASP5.4以后框架发生了一定的变化，虽然安装也不难，但为了避免初学者混乱，就另帖介绍了。本帖子中涉及的版本为5.2.2、5.2.12、5.3.2、5.3.3、5.3.5，如有其它版本的可参考着我提供的Makefile进行修改和安装，不会有太大变化。 附件有三个，一个是VASP的安装运行方法（VASP5.2-5.3纯净版安装.pdf），一个是各个版本的Makefile合集（Makefile合集.rar），还有一个是安装方法中提到的相关修改文件（小补丁.rar）。大家可以结合着安装方法去使用其余两个附件的内容。 对于这些个版本编译得出的VASP，我都进行了简单的正确性测试，比如对Graphene的能带进行过验证，与文献是符合得蛮好的： 建议诸君也对自己的算例先进行正确性验证，以防万一。 另外，广州超算中心一再提醒我们，天河二号节点使用方式为独占式。独占式是啥意思呢？比如，使用2节点共12核运行1小时的程序，机时为2*24*1=48（核*小时），而非2*6*1=12（核*小时）。因此，理论上我们需要合理利用自己的资源。然而，一个软件能不能用满节点中所有的核，以及用满所有的核以后的效率，往往与这个软件所采用的算法及编写情况有关，把所有核用满未必就有利于计算。VASP似乎就是这样，它对内存的要求比较苛刻，当每个节点开的进程过多以后，因为内存竞争等因素往往造成了计算变慢甚至节点出错的情况。 所以，根据我的使用经验，我们可能真的要合理取舍，在软件性能及资源利用率之间取得一个平衡点了~ PS：本人上来小木虫的时间虚无缥缈，恐怕不能及时回复大家的回帖，大家用就好了，有什么要分享的就直接写在回帖里吧。。。补注： 我想有必要在此补充几点VASP用户在天河二号上容易出现的问题： 1、编译完毕后，大家都想着要验证一下，这一点可以理解；不过，千万不要试图在登陆节点上直接./vasp或者vasp_root/vasp这样子去运行，一定会出错。究其原因，就是管理员严格禁止了登陆节点上跑MPI作业；vasp是MPI程序，必然不能幸免。大家如果想验证，记得将任务提交到计算节点。 2、接第1点，提交作业当然可以采用广州超算发放的用户使用手册教的交互式方法yhrun，但是不修改环境直接采用yhrun去跑也必定出错。应该在yhrun之前先加载MKL动态库环境（即附件文档“VASP5.2-5.3纯净版安装.pdf”中脚本模板里以“export”开头那一行命令）。 3、接1、2点，若对上述这些都不熟悉，按照我说明文档里介绍的提交方式去操作即可，不要纠结。用熟了再慢慢研究多好…… [ Last edited by 下个ID见咯 on 2016-3-20 at 00:21 ] |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : Makefile合集.rar
- 附件 2 : VASP5.2-5.3纯净版安装.pdf
- 附件 3 : 小补丁.rar
2016-03-14 14:50:30, 24.86 K
2016-03-14 14:50:31, 217.8 K
2016-03-14 14:50:31, 21.97 K
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hhaim
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4楼2016-03-14 19:27:40
此贴必火~谢谢分享。 2楼2016-03-14 15:49:24
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3楼2016-03-14 18:07:36
sharyu1988
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