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brassica227

铁虫 (小有名气)

[交流] 植物DNA甲基化水平测定的方法

我急需要测定植物DNA甲基化水平的方法,不知道哪位有这方面详细的protocol或者权威文献?
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

量多少我不大清楚,没做过
重复肯定要的
书上说,至少重复5次
且其变异系数应该小于5%
10楼2008-10-20 21:01:46
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★
brassica227(金币+5):xie xie
bisulfite PCR
MSP
还有色谱

去搜一本叫做methylation protocol的书
2楼2008-10-16 17:59:23
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shenye.judy

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
brassica227(金币+5):xie xie
有很多种方法,去硕博论文库搜吧,从综述到实验方法差不多都有。
3楼2008-10-17 09:47:10
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★
brassica227(金币+5):xie xie4
如果你想定量研究,那么用BSP(bisulfite PCR)
用重亚硫酸盐处理DNA样品,甲基化的C保持不变,而非甲基化的C变成了U
通过PCR,然后测序,就知道哪个位点发生了甲基化

还有就是甲基化敏感的酶切,用甲基化敏感和不敏感的酶分别切DNA,然后PCR
能够P出来就是没切断,有甲基化,P不出来就是切断了,当然前提是你要研究的片段存在甲基化敏感的酶切位点

还有HPLC法。用DNA酶消化基因组,变成一个一个的单核苷酸。因为甲基化的C和非甲基化的C在柱子的移动速度不一样,就会出现不同的峰,算一下比值就知道全基因组的甲基化水平
4楼2008-10-17 09:54:56
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