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fineren

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如何在计算机集群上做并行计算

有专门用来做高斯计算的集群,24个节点,Linux系统。但管理机器的人不知道怎么做并行计算,求助做过的xd,用那个secureCRT登录主机,如何让比如5个节点同时计算?谢谢

[ Last edited by zzgyb on 2008-10-16 at 15:30 ]
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fineren

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by abbott at 2008-10-16 23:49:
如果是并行,跨节点的,比如你的文件中用到%nproclinda=2,那么你必须是用g03l tst.com& 来提交你的作业,
如果你仅仅使用%nprocshared=n, 那个是SMP(共享内存的方式, 适用于一个主板上有一个CPU, 多核心的 ...

谢谢。你是说开始计算时输入的是:g03l name.gjf &           就是说g03后面加个“l ”?
我用的集群主节点和其他的配置一样。提交计算的时候是从主节点提交还是从node1提交?(假如我选的节点1和2)
7楼2008-10-17 08:38:09
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richard58272

金虫 (正式写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
建议你问一下专门做高斯或分子动力学的教授,我知道有一个,他自己管理机群,不过他不上小木虫。你可以给他发电子邮件:严六明,上海大学化学系教授,liuming.yan@shu.edu.cn
2楼2008-10-16 16:20:39
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西

如果只做G03的并行的话,我可以帮你配置!

我只提供最为简单的。

但是如果是多用户使用的话,需要别的服务配置!

邮件abbott.cn@gmail.com  如果你有更好的解决办法,大家一起交流啊!
Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
4楼2008-10-16 19:02:23
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fineren

木虫 (正式写手)

我看了别人写的,输入以下:
echo “Tsnet.Node.lindarsharg: ssh” >~/.tsnet.config
export GAUSS_LFLAGS=‘ -nodelist “Node1 Node2”’
export GAUSS_EXEDIR=/home/gauss/g03/linda-exe:$GAUSS_EXEDIR

gjf文件里把并行机器的个数和单个机器cpu个数标出:
%nprocl=2
%nprocs=1

然后提交:
g03 ××.gjf &
但只在一个节点上计算。

另外有个问题,用我们那集群的计算机算几个小时,有时算几分钟,计算就自己停止了。log文件没有报错,也没显示已算完。这是咋回事?
5楼2008-10-16 20:32:43
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