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【求助】如何在计算机集群上做并行计算
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有专门用来做高斯计算的集群，24个节点，Linux系统。但管理机器的人不知道怎么做并行计算，求助做过的xd，用那个secureCRT登录主机，如何让比如5个节点同时计算？谢谢 [ Last edited by zzgyb on 2008-10-16 at 15:30 ] |
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abbott
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我可以提供一些参考
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如果是并行，跨节点的，比如你的文件中用到%nproclinda=2,那么你必须是用g03l tst.com& 来提交你的作业， 如果你仅仅使用%nprocshared=n, 那个是SMP（共享内存的方式， 适用于一个主板上有一个CPU， 多核心的也可以，几个物理CPU也可以）， 这样的作业，提交用g03 tst.com& 如果并行是通过linda进行的，那么你的log文件中的时间仅仅记录的是最后一个link所用的时间，并不是整个作业的时间消耗。 在计算进行过程中，可以并行的link,你会在参与的几点上面看到lnnn.exel的进程，但是这个进程运行的时间不一定和主节点上的一样。 举个例子，如果你的主节点，除了做管理之外，还参与计算，那么由于主节点担负的load比其他的节点多， 他运行一个进程的时间就相对的长一点， 这样就是你看到的一个可以并行的link,其他的节点上是不动的，只有主节点上在运作。 可是，实际上，由于其他的slave节点，计算资源较多，已经完成了本次进程的并行后的部分工作，所以在等待主节点或者其他节点计算完成后，合并结果，获取数据。 可以说，如果你的cluster中，没有一个很好的load balance系统，那么最好这样处理。 单独一个节点，用来做管理，提供各种服务，比如你能用到的NIS，NFS，同时做一个磁盘阵列，主节点兼作存储节点，而且他的slave node 都用做计算节点。 但是同是也要明确，高斯中还有也能多不能并行的link ,那么就要求，运行不能并行的link的机器，性能一定要强，负责，在不能并行的节点上，会浪费很多时光的。 还有一个问题，尽量的让计算过程中，不要使用SWAP，过多的使用SWAP，回导致计算性能下降。应该很明确，CPU和RAM交换数据的速度绝对比和磁盘交换数据的速度快很多。 一般而言，主要承担计算的节点上的内存余量（系统正常运作后，剩余的物理内存，不包含SWAP空间）的95%都可以用于计算的内存设置。 以上的东西，只是个人的一点点看法，不正确指出，请高手斧正！ abbott.cn@gmail.com 刚刚开始一个人摆弄G03的并行，希望能和大家多多交流！ |
6楼2008-10-16 23:49:22
richard58272
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zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
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| 建议你问一下专门做高斯或分子动力学的教授，我知道有一个，他自己管理机群，不过他不上小木虫。你可以给他发电子邮件：严六明，上海大学化学系教授，liuming.yan@shu.edu.cn。 |
2楼2008-10-16 16:20:39
abbott
金虫 (著名写手)
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如果只做G03的并行的话，我可以帮你配置！ 我只提供最为简单的。 但是如果是多用户使用的话，需要别的服务配置！ 邮件abbott.cn@gmail.com 如果你有更好的解决办法，大家一起交流啊！ |
4楼2008-10-16 19:02:23
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我看了别人写的，输入以下： echo “Tsnet.Node.lindarsharg: ssh” >~/.tsnet.config export GAUSS_LFLAGS=‘ -nodelist “Node1 Node2”’ export GAUSS_EXEDIR=/home/gauss/g03/linda-exe:$GAUSS_EXEDIR gjf文件里把并行机器的个数和单个机器cpu个数标出： %nprocl=2 %nprocs=1 然后提交： g03 ××.gjf & 但只在一个节点上计算。 另外有个问题，用我们那集群的计算机算几个小时，有时算几分钟，计算就自己停止了。log文件没有报错，也没显示已算完。这是咋回事？ |
5楼2008-10-16 20:32:43
