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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】autodock计算结果不可重复
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janetfull

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】autodock计算结果不可重复

我用autodock4计算，所用的都是默认的设置，但是重复3次之后，结果都不一样，请问各位高手，这是为什么？
[search]autodock4[/search]

[ Last edited by mingdong on 2009-9-19 at 08:04 ]
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1楼 2008-10-15 18:19:24
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xuzhj01

金虫 (小有名气)

程序采用的算法导致结果没有重复性

程序采用的算法导致结果没有重复性，例如 遗传算法等。。。。  顺便问LZ可有ADT的windows版本，近期官网无法下载，我正好要用，非常感谢。
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2楼2008-10-15 20:46:56
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janetfull

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xuzhj01 at 2008-10-15 20:46:
程序采用的算法导致结果没有重复性，例如 遗传算法等。。。。  顺便问LZ可有ADT的windows版本，近期官网无法下载，我正好要用，非常感谢。

谢谢你的回帖，我想问你一下，大概为什么那个算法就能导致他没有重复性？ 那我如果做了3次的话，哪次的结果更可信？这个该怎么选择？

谢谢。
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3楼2008-10-16 08:45:20
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
同样的输入文件会造成很大的不同吗？即使有一些不同，但也不会有很大的差异的。
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4楼2008-10-16 09:42:20
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xuzhj01

金虫 (小有名气)

赞同LS的观点。

★ ★
灯塔守望者(金币+2,VIP+0):谢谢支持小木虫
赞同LS的观点，结果的差异性不会太大，当然前提是您的蛋白和配体处理得当。
建议您：1、多用几种对接软件；2、试试一致性打分；看对接的结果。我这里有一篇关于对接的综述 2008的 非常全面 建议阅读
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5楼2008-10-16 10:12:14
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weishenme

金虫 (小有名气)
我感觉重复性还可以啊，不改变参数的情况下差别不大。
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6楼2008-10-16 11:21:59
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janetfull

金虫 (正式写手)
每次的处理情况都是一样的，蛋白和配体都是一样的处理过的，而且我原来做了好几个了，程序运行也没有问题。
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7楼2008-10-16 18:13:06
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
结果无法重复并非源于算法，而来自于初始随机数的不同，默认使用进程的ID、当前时间作为种子，每次是不同的。
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8楼2008-10-16 20:24:29
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nh13

木虫 (正式写手)
Autodock使用的是拉马克遗传算法，这种最优化方法就是重复性差的。应该再用其他对接软件比较一下比较好吧。
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9楼2008-10-17 08:18:14
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jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2008-10-16 09:42:
同样的输入文件会造成很大的不同吗？即使有一些不同，但也不会有很大的差异的。

能把这篇综述发一下吗 非常感谢 呵呵
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http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
10楼2008-10-17 08:25:24
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