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janetfull

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】autodock计算结果不可重复

我用autodock4计算,所用的都是默认的设置,但是重复3次之后,结果都不一样,请问各位高手,这是为什么?
[search]autodock4[/search]

[ Last edited by mingdong on 2009-9-19 at 08:04 ]
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xuzhj01

金虫 (小有名气)

程序采用的算法导致结果没有重复性

程序采用的算法导致结果没有重复性,例如 遗传算法等。。。。  顺便问LZ可有ADT的windows版本,近期官网无法下载,我正好要用,非常感谢。
2楼2008-10-15 20:46:56
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janetfull

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xuzhj01 at 2008-10-15 20:46:
程序采用的算法导致结果没有重复性,例如 遗传算法等。。。。  顺便问LZ可有ADT的windows版本,近期官网无法下载,我正好要用,非常感谢。

谢谢你的回帖,我想问你一下,大概为什么那个算法就能导致他没有重复性? 那我如果做了3次的话,哪次的结果更可信?这个该怎么选择?

谢谢。
3楼2008-10-16 08:45:20
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

同样的输入文件会造成很大的不同吗?即使有一些不同,但也不会有很大的差异的。
4楼2008-10-16 09:42:20
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xuzhj01

金虫 (小有名气)

赞同LS的观点。

★ ★
灯塔守望者(金币+2,VIP+0):谢谢支持小木虫
赞同LS的观点,结果的差异性不会太大,当然前提是您的蛋白和配体处理得当。
建议您:1、多用几种对接软件;2、试试一致性打分;看对接的结果。我这里有一篇关于对接的综述 2008的 非常全面 建议阅读
5楼2008-10-16 10:12:14
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weishenme

金虫 (小有名气)

我感觉重复性还可以啊,不改变参数的情况下差别不大。
6楼2008-10-16 11:21:59
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janetfull

金虫 (正式写手)

每次的处理情况都是一样的,蛋白和配体都是一样的处理过的,而且我原来做了好几个了,程序运行也没有问题。
7楼2008-10-16 18:13:06
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


结果无法重复并非源于算法,而来自于初始随机数的不同,默认使用进程的ID、当前时间作为种子,每次是不同的。
8楼2008-10-16 20:24:29
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nh13

木虫 (正式写手)

Autodock使用的是拉马克遗传算法,这种最优化方法就是重复性差的。应该再用其他对接软件比较一下比较好吧。
9楼2008-10-17 08:18:14
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jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2008-10-16 09:42:
同样的输入文件会造成很大的不同吗?即使有一些不同,但也不会有很大的差异的。

能把这篇综述发一下吗 非常感谢 呵呵
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
10楼2008-10-17 08:25:24
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