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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题
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日记布

金虫 (正式写手)

[求助] 求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题 已有3人参与

是这样啊，我的菌株做的16sRDNA，去NCBI比对，分数都是100%，用mega6进行系统发育树比对，发育树上的数字都是0了，或者很低，这种情况该怎么办啊！！！我的菌株起名NS8序列在此：GAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTATGGAGCCAGCCGC
帮我做一下吧，或者告诉我哪里错了啊，我做的图如下，构建树的步骤如下图片

求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题
我想这样的.png


求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题-1
20130927_152106.jpg


求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题-2
20130927_152117.jpg
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1楼 2016-03-09 22:20:46
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晃晃飞天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chinayanfei at 2016-03-10 14:55:01
前面自律值太低了(聚在一支的概率太低了～)！而且都没有外群菌株～适当要增加或删掉一些重新建树，你步骤里面没有选择进化树的类型吗？一般先建NJ

自律值一般多少格式呢？我的也是3、4、11

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8楼2016-10-12 17:03:40
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haloarchaeon

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
从发育树上看，你这株菌差不多就是解淀粉芽孢杆菌。但要得到确切的结果还是要将这株菌与Bacillus属的相近种的模式菌株以及Bacillus相近属的模式种一起构建一个系统发育树，判定其确切的分类地位。
至于你的菌株与相近种的相似性，建议你还是用eztaxon（http://www.ezbiocloud.net/eztaxon/）去比对，这样的结果比较可信，在国际学术期刊上发表时，审稿人认可。
这是搜索结果：
Name        Strain        Authors        Taxonomy        Accession        Pairwise Similarity(%)        Diff/Total nt        Completeness(%)
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum        FZB42(T)        Borriss et al. 2011        Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus amyloliquefaciens; Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum        CP000560        99.92        1/1318        100
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haloarchaeon
2楼2016-03-10 08:50:10
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chinayanfei

木虫 (小有名气)
前面自律值太低了(聚在一支的概率太低了～)！而且都没有外群菌株～适当要增加或删掉一些重新建树，你步骤里面没有选择进化树的类型吗？一般先建NJ

发自小木虫Android客户端
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3楼2016-03-10 14:55:01
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
先clust_w本地比对，选取星号推荐区间，另存为一个fasta这种文本文件，然后构建进化树，带上同一科的属代表菌株序列作为outgroup.然后再构建进化树。
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4楼2016-03-10 15:07:06
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查看全部 11 个回答
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