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日记布

金虫 (正式写手)

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[求助] 求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题已有3人参与

是这样啊，我的菌株做的16sRDNA，去NCBI比对，分数都是100%，用mega6进行系统发育树比对，发育树上的数字都是0了，或者很低，这种情况该怎么办啊！！！我的菌株起名NS8序列在此：GAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTATGGAGCCAGCCGC
帮我做一下吧，或者告诉我哪里错了啊，我做的图如下，构建树的步骤如下图片

我想这样的.png

20130927_152106.jpg

20130927_152117.jpg

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1楼 2016-03-09 22:20:46

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晃晃飞天

新虫 (正式写手)

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引用回帖:

3楼: Originally posted by chinayanfei at 2016-03-10 14:55:01
前面自律值太低了(聚在一支的概率太低了～)！而且都没有外群菌株～适当要增加或删掉一些重新建树，你步骤里面没有选择进化树的类型吗？一般先建NJ

自律值一般多少格式呢？我的也是3、4、11

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8楼2016-10-12 17:03:40

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haloarchaeon

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

从发育树上看，你这株菌差不多就是解淀粉芽孢杆菌。但要得到确切的结果还是要将这株菌与Bacillus属的相近种的模式菌株以及Bacillus相近属的模式种一起构建一个系统发育树，判定其确切的分类地位。
至于你的菌株与相近种的相似性，建议你还是用eztaxon（http://www.ezbiocloud.net/eztaxon/）去比对，这样的结果比较可信，在国际学术期刊上发表时，审稿人认可。
这是搜索结果：
Name Strain Authors Taxonomy Accession Pairwise Similarity(%) Diff/Total nt Completeness(%)
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum FZB42(T) Borriss et al. 2011 Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus amyloliquefaciens; Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CP000560 99.92 1/1318 100

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haloarchaeon