应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题
51/1返回列表
查看: 1885  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

日记布

金虫 (正式写手)

[求助] 求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题 已有3人参与

是这样啊，我的菌株做的16sRDNA，去NCBI比对，分数都是100%，用mega6进行系统发育树比对，发育树上的数字都是0了，或者很低，这种情况该怎么办啊！！！我的菌株起名NS8序列在此：GAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTATGGAGCCAGCCGC
帮我做一下吧，或者告诉我哪里错了啊，我做的图如下，构建树的步骤如下图片

求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题
我想这样的.png


求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题-1
20130927_152106.jpg


求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题-2
20130927_152117.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-03-09 22:20:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晃晃飞天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chinayanfei at 2016-03-10 14:55:01
前面自律值太低了(聚在一支的概率太低了～)！而且都没有外群菌株～适当要增加或删掉一些重新建树，你步骤里面没有选择进化树的类型吗？一般先建NJ

自律值一般多少格式呢？我的也是3、4、11

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2016-10-12 17:03:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

haloarchaeon

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
从发育树上看，你这株菌差不多就是解淀粉芽孢杆菌。但要得到确切的结果还是要将这株菌与Bacillus属的相近种的模式菌株以及Bacillus相近属的模式种一起构建一个系统发育树，判定其确切的分类地位。
至于你的菌株与相近种的相似性，建议你还是用eztaxon（http://www.ezbiocloud.net/eztaxon/）去比对，这样的结果比较可信，在国际学术期刊上发表时，审稿人认可。
这是搜索结果：
Name        Strain        Authors        Taxonomy        Accession        Pairwise Similarity(%)        Diff/Total nt        Completeness(%)
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum        FZB42(T)        Borriss et al. 2011        Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus amyloliquefaciens; Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum        CP000560        99.92        1/1318        100
赞一下(3人) 回复此楼
haloarchaeon
2楼2016-03-10 08:50:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chinayanfei

木虫 (小有名气)
前面自律值太低了(聚在一支的概率太低了～)！而且都没有外群菌株～适当要增加或删掉一些重新建树，你步骤里面没有选择进化树的类型吗？一般先建NJ

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2016-03-10 14:55:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
先clust_w本地比对，选取星号推荐区间，另存为一个fasta这种文本文件，然后构建进化树，带上同一科的属代表菌株序列作为outgroup.然后再构建进化树。
赞一下 回复此楼
4楼2016-03-10 15:07:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-09-02 00:19 by xiangy672
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭