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求助啊，一株细菌的系统进化发育构建问题 已有3人参与
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是这样啊，我的菌株做的16sRDNA，去NCBI比对，分数都是100%，用mega6进行系统发育树比对，发育树上的数字都是0了，或者很低，这种情况该怎么办啊！！！我的菌株起名NS8序列在此：GAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTATGGAGCCAGCCGC 帮我做一下吧，或者告诉我哪里错了啊，我做的图如下，构建树的步骤如下图片  我想这样的.png  20130927_152106.jpg  20130927_152117.jpg |
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5楼2016-03-10 15:08:05
haloarchaeon
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【答案】应助回帖
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从发育树上看，你这株菌差不多就是解淀粉芽孢杆菌。但要得到确切的结果还是要将这株菌与Bacillus属的相近种的模式菌株以及Bacillus相近属的模式种一起构建一个系统发育树，判定其确切的分类地位。 至于你的菌株与相近种的相似性，建议你还是用eztaxon（http://www.ezbiocloud.net/eztaxon/）去比对，这样的结果比较可信，在国际学术期刊上发表时，审稿人认可。 这是搜索结果： Name Strain Authors Taxonomy Accession Pairwise Similarity(%) Diff/Total nt Completeness(%) Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum FZB42(T) Borriss et al. 2011 Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus amyloliquefaciens; Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CP000560 99.92 1/1318 100 |
2楼2016-03-10 08:50:10
chinayanfei
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