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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 分析质谱数据的MetAlign软件有会用的吗？
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kevinrowe

金虫 (著名写手)

[求助] 分析质谱数据的MetAlign软件有会用的吗？已有2人参与

如题，求助啊，捣鼓好久了，做出来的数据怎么都觉得不太对。参数太多，要怎么设啊？求大神。

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1楼2016-03-07 20:56:06
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

dnp

荣誉版主 (知名作家)

小木虫浪子

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kevinrowe: 金币+1, ★有帮助 2016-03-09 16:53:37
kevinrowe: 金币+2, ★有帮助 2016-03-11 15:46:07
看需要来吧，另外都多看文献，那些参数是设置用来预处理质谱数据的，而且对结果的影响很大，没有固定的理论来参考，只有自己一个一个慢慢试，在里面找经验，之后熟了就好办了。
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What would Jesus do?
2楼2016-03-09 14:04:30
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dnp

荣誉版主 (知名作家)

小木虫浪子

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by kevinrowe at 2016-03-09 16:57:47
请问，红圈里面的参数怎么设？是每针样本运行时间吗？我是100min，“scan nr”是扫面次数的意思吗？那数值是用分钟数乘以每分钟的扫描次数吗？

MetAlign界面参数.PNG
...

http://www.mdpi.com/toc/htmlview ... 1424-8220/10/8/7122
我猜应该是扫描开始的时间和扫描结束的时间，也就是选一段色谱数据(在你设置的retention begin 和retention end之间)进行背景扣除和噪音消除，如果要进行全谱处理，应该是0到扫描点总数。
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What would Jesus do?
4楼2016-03-11 14:25:51
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奔跑的萝卜丝

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kevinrowe: 金币+17, ★★★很有帮助 2016-06-28 22:56:39
引用回帖:
1楼: Originally posted by kevinrowe at 2016-03-07 20:56:06
如题，求助啊，捣鼓好久了，做出来的数据怎么都觉得不太对。参数太多，要怎么设啊？求大神。

这个软件主要是分辨率，峰移，峰宽，半峰宽，信噪比，其他的可以先用默认值先试一下，慢慢摸索吧。

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7楼2016-06-28 22:47:46
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普通回帖

kevinrowe

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dnp at 2016-03-09 14:04:30
看需要来吧，另外都多看文献，那些参数是设置用来预处理质谱数据的，而且对结果的影响很大，没有固定的理论来参考，只有自己一个一个慢慢试，在里面找经验，之后熟了就好办了。

请问，红圈里面的参数怎么设？是每针样本运行时间吗？我是100min，“scan nr”是扫面次数的意思吗？那数值是用分钟数乘以每分钟的扫描次数吗？
分析质谱数据的MetAlign软件有会用的吗？
MetAlign界面参数.PNG
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3楼2016-03-09 16:57:47
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kevinrowe

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dnp at 2016-03-11 14:25:51
http://www.mdpi.com/toc/htmlview/tableview?i=t1-sensors-10-07122&m=sensors-10-07122-manuscript&v=t&u=/1424-8220/10/8/7122
我猜应该是扫描开始的时间和扫描结束的时间，也就是选一段色谱数据( ...

感谢，再研究研究。有问题再向您请教啊！
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5楼2016-03-11 15:46:54
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kevinrowe

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dnp at 2016-03-11 14:25:51
http://www.mdpi.com/toc/htmlview/tableview?i=t1-sensors-10-07122&m=sensors-10-07122-manuscript&v=t&u=/1424-8220/10/8/7122
我猜应该是扫描开始的时间和扫描结束的时间，也就是选一段色谱数据( ...

再向您讨教个问题，第一张图是导出结果图。数据点是不是过于密集了啊？是不是峰阈值舍得低了？第二、第三张图是参数设置。请您帮着分析分析啊！
分析质谱数据的MetAlign软件有会用的吗？-1
20160206-display.PNG


分析质谱数据的MetAlign软件有会用的吗？-2
条件设置1.PNG


分析质谱数据的MetAlign软件有会用的吗？-3
条件设置2.PNG
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6楼2016-03-11 15:59:10
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陈狗狗888

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 奔跑的萝卜丝 at 2016-06-28 22:47:46
这个软件主要是分辨率，峰移，峰宽，半峰宽，信噪比，其他的可以先用默认值先试一下，慢慢摸索吧。
...

您好，请问你有这个软件的安装包吗？如果方便的话可以给我发一个吗？chenjie9922@163.com  谢谢您了！
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8楼2017-12-10 23:19:55
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陈狗狗888

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kevinrowe at 2016-03-09 16:57:47
请问，红圈里面的参数怎么设？是每针样本运行时间吗？我是100min，“scan nr”是扫面次数的意思吗？那数值是用分钟数乘以每分钟的扫描次数吗？

MetAlign界面参数.PNG
...

您好，请问你有这个软件的安装包吗？如果方便的话可以给我发一个吗？chenjie9922@163.com  谢谢您了！
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9楼2017-12-10 23:21:01
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太古剑魂

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by kevinrowe at 2016-03-11 15:59:10
再向您讨教个问题，第一张图是导出结果图。数据点是不是过于密集了啊？是不是峰阈值舍得低了？第二、第三张图是参数设置。请您帮着分析分析啊！

20160206-display.PNG

条件设置1.PNG

条件设置2.PNG
...

你好，metalign出来的数据集包含好多同一物质的不同碎片峰，如何只保留物质基峰离子的信号呢？
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10楼2018-01-25 05:01:55
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