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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】如何判断氢键？
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xingyun5182

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】如何判断氢键？

使用Autodock对配体和大分子进行了对接，但在检查氢键的时候发现了问题，有的氢键在ADT能显示但在ViewerLite中无法显示，或者正好相反。
请问各位哪个软件能更准确的判断并显示氢键？谢谢了。
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1楼 2008-10-14 10:41:25
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
ViewerLite也太过时了
用Accelrys Discovery Studio Visualizer吧
至于是不是氢键，距离、角度都可以自己设置。
你认为是，就是。
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2楼2008-10-14 14:01:03
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xingyun5182

铜虫 (初入文坛)
好的，我去下载一下，非常感谢帮助。
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3楼2008-10-14 14:56:19
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elexware

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2008-10-14 14:01:
ViewerLite也太过时了
用Accelrys Discovery Studio Visualizer吧
至于是不是氢键，距离、角度都可以自己设置。
你认为是，就是。

老汉一语中的，精辟！
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其实一切都还好...
4楼2008-10-14 17:41:57
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chemozhang

木虫 (正式写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
呵呵,两者可能默认距离不同, DS中是3,5A,另外DS中有角度限制

DS中默认值还是比较合理的,呵呵
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故地如重游月圆更寂寞
5楼2008-10-15 12:37:47
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nh13

木虫 (正式写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
在大部分软件中氢键确实角度和距离都可以自己设置。如果lz需要那里是氢键就修改一下设置。只要不是太离谱，就有可能是氢键的。

还可以换别的对接软件再试，然后对比结果。
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6楼2008-10-15 13:43:22
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