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没入尘埃5

金虫 (小有名气)

[求助] 菌种鉴定如何确定为一个新种，或者是已知的菌种？ 已有1人参与

前段时间做了一个菌种鉴定，做了一个测序，测出来的结果在NCBI上比对的时候出现了亲缘关系很近的菌种，测序用的是16S rDNA测序方法，得到的序列前120bp左右都几乎是用N代表的，从120bp往后的序列，跟在NCBI上blast出来的菌是100%重合的，因此有几个想问，希望路过的大神指点迷津：
1 16S测序得到的是细菌的16S片段，那我测序的菌前面没测出来的120bp属不属于16S片段里的？
2 16S测序是不是只能鉴定到细菌的属，不能鉴定到种？是不是同属的细菌的16S片段都是一样的？测序公司说我送去的菌测出来的就是16S片段，比对出来的亲缘关系最近的是芽孢杆菌，如果同属的细菌的16S片段都是一样的，那就只能说明我送去测序的菌是芽孢杆菌，还是不能知道它到底是什么菌种了
3 跟我测序的菌亲缘关系很近的菌是芽孢杆菌属，在NCBI上能找到这个菌，但是找不到这个菌的菌种具体是什么，NCBI上已经登记的菌也找不到它具体的种吗？如果可以找到，应该怎么找？



附图里是我在DANMAN里将我的菌与NCBI上blast出来的菌序列比对的结果，上面是我的菌，前面大概120bp左右长度是没有测出来的那部分，下面是已知菌

菌种鉴定如何确定为一个新种，或者是已知的菌种？
DNAMAN上的序列比对.png


菌种鉴定如何确定为一个新种，或者是已知的菌种？-1
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如果不努力，肯定没收获！
1楼 2016-03-04 11:07:38
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二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

16S在很多情况下是难以确定“种”的，确定是什么物种或者判断是否为新种，建议采用基因组测序比对ANI的方法，就是在基因组水平与所有已知发表的微生物基因组比对，判断是否有已发表的同种菌株。
具体可咨询ACCC
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2楼2016-06-14 15:39:56
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chinayanfei

木虫 (小有名气)
一般在eztaxon(ezbiocloud)里面比对16S序列的！这个数据库相对NCBI.就新种鉴定序列方面要专业多！之后在试试～序列一般克隆后的结果更好些

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3楼2016-06-14 20:15:05
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