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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 细菌的分子鉴定除了使用16S PCR之外，还有其他的基因可以作为通用引物进行检测吗？
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cugmxl

金虫 (小有名气)

[交流] 细菌的分子鉴定除了使用16S PCR之外，还有其他的基因可以作为通用引物进行检测吗？

本小虫最近在做植物病原细菌鉴定和检测方面的实验，使用16S做的分类不能做的很深入，所以想问问还有没有别的常用的基因用于细菌的分子鉴定？
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1楼 2016-03-04 10:53:12
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star013

新虫 (知名作家)
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高通量测序不行么？

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12楼2016-03-04 11:30:40
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美亿美生物

捐助贵宾 (职业作家)
★
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目前常规的分子手段，是16s扩增测序，别的话，就是全基因测序

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13楼2016-03-04 11:49:51
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生命之谜

新虫 (小有名气)
★
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有的，你有多少菌？

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14楼2016-03-04 15:06:23
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joshuablack

新虫 (小有名气)
★
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你确定16S不够你做分类么？
其他方法：1、DNA杂交，2、限制性酶切片段图谱比较，3、DNA探针。保守序列还是16S好。
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15楼2016-03-04 15:49:12
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cugmxl

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by star013 at 2016-03-04 11:30:40
高通量测序不行么？

准备做个重测序

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16楼2016-06-11 21:48:24
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cugmxl

金虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by joshuablack at 2016-03-04 15:49:12
你确定16S不够你做分类么？
其他方法：1、DNA杂交，2、限制性酶切片段图谱比较，3、DNA探针。保守序列还是16S好。

目前16s最多鉴定到属的水平，而对于细菌种以及以下水平（致病变种或者亚种水平）就无可奈何了啊！

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17楼2016-06-11 21:50:07
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cugmxl

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 生命之谜 at 2016-03-04 15:06:23
有的，你有多少菌？

按照地区进行分类的话，大概有个上百株

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18楼2016-06-11 21:51:27
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cugmxl

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 美亿美生物 at 2016-03-04 11:49:51
目前常规的分子手段，是16s扩增测序，别的话，就是全基因测序

我以前用多基因（House keeping gene）联合建树的方法做了一下，但是感觉这个方法还是各说各家，似乎缺乏统一标准……

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19楼2016-06-11 21:53:37
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二十一业

铜虫 (小有名气)
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引用回帖:
16楼: Originally posted by cugmxl at 2016-06-11 21:48:24
准备做个重测序
...

重测序拼装用MicrobeTrakr可鉴定
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20楼2016-06-14 10:49:46
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二十一业

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by star013 at 2016-03-04 11:30:40
高通量测序不行么？

测序之后呢？
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21楼2016-06-14 11:20:37
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二十一业

铜虫 (小有名气)
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引用回帖:
18楼: Originally posted by cugmxl at 2016-06-11 21:51:27
按照地区进行分类的话，大概有个上百株
...

这么多菌，都做重测序？
建议1：找测序公司只做测序，然后找MicrobeTrakr团队分析鉴定
建议2：直接找MicrobeTrakr团队测序分析鉴定

重测序后，基于全基因组ANI的菌种鉴定，目前只有MicrobeTrakr团队做的。
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22楼2016-06-14 11:23:20
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cugmxl

金虫 (小有名气)
引用回帖:
22楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-06-14 11:23:20
这么多菌，都做重测序？
建议1：找测序公司只做测序，然后找MicrobeTrakr团队分析鉴定
建议2：直接找MicrobeTrakr团队测序分析鉴定

重测序后，基于全基因组ANI的菌种鉴定，目前只有MicrobeTrakr团队做的。...

Microbetrakr团队吗？我们课题组目前跟诺禾合作测别的（真菌），他们是不是可以帮忙做分析这一块？

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23楼2016-06-16 00:26:25
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二十一业

铜虫 (小有名气)
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23楼: Originally posted by cugmxl at 2016-06-16 00:26:25
Microbetrakr团队吗？我们课题组目前跟诺禾合作测别的（真菌），他们是不是可以帮忙做分析这一块？
...

可以的，你自己问了。
你先咨询好衡量一下，真菌就不说了，细菌重测序你需要考虑多方面。诺和是测序工厂，一般的测序分析没问题，但你想菌种鉴定的问题就难以解决了，他们也会用16S给你做鉴定，或者构核心基因组树做，能解决问题的可能性很小了。
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24楼2016-06-16 16:50:29
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SilenceGoo2楼
2016-03-04 11:07   回复  
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2016-03-04 11:08   回复  
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SilenceGoo4楼
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