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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 画了系统进化树，但不确定怎么分析。
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无语。。。

铜虫 (初入文坛)

[求助] 画了系统进化树，但不确定怎么分析。 已有2人参与

我想鉴定一个真菌的种属，选了NCBI里面相似度排在前面的一些菌，画了进化树，第四个是我的菌，和同属一个分支的另一种菌的分数只有44，好像有说70以上才可信，我这样能确定我的菌的种属吗？

画了系统进化树，但不确定怎么分析。
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1楼 2016-02-26 20:32:23
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fudan671

木虫 (著名写手)
菌种还是有差别的

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2楼2016-02-27 07:33:00
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无语。。。

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fudan671 at 2016-02-27 07:33:00
菌种还是有差别的

是说因为菌种间有差别才导致分数低吗？那这个菌该怎么确定菌种啊？
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3楼2016-02-27 13:58:35
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匿名

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4楼2016-02-27 14:08:41
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fudan671

木虫 (著名写手)
那就用常用的16s'18s真菌就用its

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5楼2016-02-27 15:30:52
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yazhenyuan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
确定不了 而且进化树做得不太好 请问你用哪个数据库比对的？测序结果序列是否做了拼接呢？
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6楼2016-02-28 13:04:21
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无语。。。

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lewenff at 2016-02-27 14:08:41
什么序列画的，怎么做的，你没说清楚呀

ITS1~4  选了NCBI中相似度高的一些，用MEGA7.0画的
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7楼2016-03-11 16:48:39
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无语。。。

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fudan671 at 2016-02-27 15:30:52
那就用常用的16s'18s真菌就用its

是用的ITS
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8楼2016-03-11 16:48:54
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无语。。。

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yazhenyuan at 2016-02-28 13:04:21
确定不了 而且进化树做得不太好 请问你用哪个数据库比对的？测序结果序列是否做了拼接呢？

NCBI上blastn，然后选了相似度高的一些序列用MEGA7.0画的。ITS1~4没有拼接，不长。不晓得这么做对不对？
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9楼2016-03-11 16:50:59
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fudan671

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 无语。。。 at 2016-03-11 16:48:54
是用的ITS...

那就进一步验证啊

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10楼2016-03-11 18:34:40
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