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团簇结构搜索程序ABCluster发布，欢迎试用 已有19人参与
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团簇是近几年来化学研究的热点之一。从理论化学的角度看，研究团簇的第一步是构建其合理结构，例如全局极小点。但是这个过程，如果手动来做常常十分繁琐甚至不可能。用计算机来做的话，目前可以用分子动力学的方法来实现。但是动力学中有可能会产生一系列无效结构，而且学习一个动力学软件不是个容易的事情。在文献中，也有用蒙特卡罗或者遗传算法来实现，但是这类算法常常只存在于文献中，并没有易用的软件公开发布，使其他研究者难以使用这种方法。 能够比较完美的实现全局结构优化而且还能供一般研究者使用的软件并不算多，个人认为比较好的有： CALYPSO：粒子群算法，适用于材料结构 MOLCLUS：分子动力学算法，适用于分子团簇和分子构象搜索 GMIN：Basin-hopping算法，适用于算法开发等 但是，目前缺少一个能够使研究者能够快速进行各种分子团簇和原子模型势全局优化的，易用的软件。因此，我们编写了软件ABCluster，能够使研究者在最少背景知识，最短时间内处理最复杂的化学团簇。 ABCluster使用了一种2005年提出的进化算法，被称为“人工蜂群算法（Artificial Bee Colony algorithm，ABC）”。利用ABC算法，可以高效的进行团簇结构的全局极小点搜索。不过不必担心，研究者可以在几乎完全不知道ABC算法是什么的情况下进行使用，从而把全部的精力用在化学问题上。而ABCluster内部集成了能量计算和局部优化算法，使研究者可以不借助任何第三方程序直接进行搜索。程序可以得到全局极小点和大量局部极小点，使得研究者能够在得到大量结构后，可以利用更高级的算法，如量子化学方法进行研究。 ABCluster程序是免费的，可以从下述网站得到： ABCluster 1.0 http://www.uni-koeln.de/math-nat ... r-introduction.html 关于程序的算法介绍可以参见： PCCP http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2015/CP/C5CP04060D 我们为ABCluster写了详细而简洁的手册，并且以后会逐渐增加“案例”教程。欢迎大家使用。如果有任何建议和问题，请联系我：zhangjunqcc@gmail.com 希望我们能够将ABCluster开发的越来越好以为广大研究者服务。 下面是一些例子。       [ Last edited by coolrainbow on 2015-10-7 at 02:56 ] |
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33楼2015-10-08 15:24:14
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12楼2015-10-07 11:20:17
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3楼2015-10-06 19:41:48
4楼2015-10-06 22:12:46
5楼2015-10-07 00:38:31
7楼2015-10-07 05:48:25
8楼2015-10-07 06:25:07
9楼2015-10-07 06:25:59
10楼2015-10-07 07:44:48
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11楼2015-10-07 08:42:30
13楼2015-10-07 11:37:15
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14楼2015-10-07 12:35:00
15楼2015-10-07 14:58:34
16楼2015-10-07 15:10:23
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23楼2015-10-07 20:23:43
24楼2015-10-07 21:27:22
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25楼2015-10-07 21:36:58
26楼2015-10-07 23:08:34
27楼2015-10-08 02:54:27
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32楼2015-10-08 15:23:34
34楼2015-10-08 15:44:19
35楼2015-10-08 22:23:28
36楼2015-10-09 08:27:38
37楼2015-10-12 17:40:50
38楼2015-10-13 16:42:53
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39楼2015-10-13 23:02:23
40楼2015-10-19 09:34:16
★★★★★ 五星级,优秀推荐
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在这也回复一次吧， 楼主好，我最近在写一个金属团簇的文章，感谢你的分享，我下载了你的abcluster 软件。我在windows下运行，去寻找这个Au 7团簇的结构。我写的输入文件是 abcinp LJ 1 Gupta 2.0 15 1000 5 20 7 Au Parameters for atom-pair 0-0: A xi d p q > 0.11844 1.79 2.884 10.15 4.15 然后运行优化，atom-opyimization LJ.inp > LJ.out 之后马上得到一个LJ.out的文件，我用materials studio打开，显示无法读取输入文件，这是怎么回事呢？求指教 Error occurs: Cannot open input file [ LJ.inp ]. Error termination at Thu Oct 22 02:53:42 2015. Total run time: 0 seconds = 0 days 0 hours 0 minutes 0 seconds. |
41楼2015-10-22 14:41:39
42楼2015-10-22 17:11:13
43楼2015-10-22 19:14:32
44楼2015-10-22 22:50:22
45楼2015-10-27 09:22:55
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47楼2015-12-17 15:07:43
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