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分类 共搜索到 234 个相关话题(最多显示前5000个) 作者 最后发表
高分子 从原子碰撞到新药分子：分子动力学模拟的AI本地大模型部署与算力...
内置分析脚本语言Tcl，可进行RMSD、RMSF、氢键分析等常用后处理。PyMOL：结构生物学的标配可视化工具，在蛋白质结构展示和出版级图像制作方面无可替代。OVITO：面向材料科学的原子级可视化...
 peterfxmc 2026-09-10 08:11
学术会议 2026 AI酶生物元件挖掘与实践改造培训班
动力学轨迹稳定性与构象监测：rmsd、rmsf（局部柔性）、回旋半径（rg）及催化活性中心空间构象稳定性分析3.高斯加速增强采样（gamd）高级应用：跨越能垒捕获底物诱导契合构象，绘制自由能...
 zghg2012 2026-09-10 02:29
生物材料 2026 AI酶生物元件挖掘与实践改造培训班
动力学轨迹稳定性与构象监测：RMSD、RMSF（局部柔性）、回旋半径（Rg）及催化活性中心空间构象稳定性分析3.高斯加速增强采样（GaMD）高级应用：跨越能垒捕获底物诱导契合构象，绘制自由能...
 zghg2012 2026-09-07 03:22
招聘信息布告栏 AI for Science 计算结构生物学研究员
仅以单一指标（例如pLDDT、PAE、ipTM、RMSD）直接当作结构或机制正确性的结论。不愿反复回到原始文献、序列和对照结构中cross-check，或不愿推翻自己的初版解释。不关心这些分析是否真正...
 河马爱小鱼 2026-08-29 01:04
计算模拟 分子对接redocking验证体系求指导一下。
最近在学分子对接。用的Autodockvina,.然后看文献有做redocking验证公结晶配体...RMSD值小于2埃，有没有擅长做分子对接的兄弟姐妹支援赐教一下啊！怎么也没有整明白的我真的头大哦！不胜感激
 HFYFIGHT 2026-07-14 02:36
硕博家园 【有偿求助】高分子介孔材料分子动力学模拟
全套后处理：RMSD、MSD、RDF、二面角分析、空间密度分布图等论文级图表要求：熟练使用GROMACS，有高分子/介孔模拟相关经验，能提供过往项目案例。中介勿扰，只找直接做项目的同学，可按项目...
 喜欢睡懒个觉 2026-05-24 04:38
考博 申博自荐，求导师收留
GROMACS蛋白-配体MD模拟与轨迹分析（RMSD/RMSF/H-bond等）QSAR/机器学习建模：Python+RDKit/Dragon批量计算指纹与1D–3D描述符；Scikit-learn/TensorFlow搭建RF/XGBoost/SVM/DNN等模型，...
 JM冲冲冲冲 2026-02-01 07:43
考博 26博士申请自荐（有机化学，化学生物学，环境均可）
HOMO、弱相互作用（RDG）、ESP等等，也能够通过Autodockingvina、Discoverystudios、Pymol、gromacs等等进行分子对接和分子动力学模拟（RMSD、RMSF、H键、Rg、SASA、自由能、FEL等）。...
 Molecular123 2026-01-11 01:19
材料综合 接理论计算，主要包含第一性原理、分子动力学、机器学习、有限元...
轨迹分析RMSD/RMSF、径向分布函数RDF、扩散、氢键数量；分子对接；同源建模；虚拟筛癣定量构效关系QSAR■有限元FEM仿真：结构仿真（接触分析、非线性分析、振动/疲劳/传热/裂纹/碰撞分析）...
 HER12025 2026-01-08 10:42
硕博家园 分子动力学模拟问题咨询
nvt、npt都平?了200ps，最后运行了50ns，中途电脑断了一次电，我后面用命令接着跑，但后面跑出来的图总是存在问题，（由于图片上传不上来，我用文字描述下问题RMSD的图在10、13、17-22、25...
 18788705568 2025-03-22 02:21
分子模拟 蛋白-小分子动力学模拟
求问这种程度的rmsd是不是没有达到平?状态啊？
 彼岸莫离 2025-03-07 02:57
考博 申博—生物大分子蛋白互作\真菌毒素
（2）计算技能：蛋白和小分子的结构建模、分子动力学模拟、模拟结果的一般分析（RMSD、RMSF、相互作用分析等）、分子对接、结合自由能计算等计算方法。我已经通过英语六级考试（在备考雅思...
 jiansu_aiyh 2025-02-11 01:43
考博 申请博士
DNA相互作用的生物发光检测、细菌和真菌培养、小分子外施等实验）和计算技能（蛋白和小分子的结构建模、分子动力学模拟、模拟结果的一般分析（RMSD、RMSF、相互作用分析等）、分子对接、...
 见素123 2024-11-11 10:18
考博 申请25年博士
DNA相互作用的生物发光检测、细菌和真菌培养、小分子外施等实验）和计算技能（蛋白和小分子的结构建模、分子动力学模拟、模拟结果的一般分析（RMSD、RMSF、相互作用分析等）、分子对接、...
 见素123 2024-10-05 12:47
生物材料 新型生物材料结合/骨生成双功能肽与蚕丝纤维蛋白膜结合，有效...
一般来说，再对接实验得到的RMSD值越低，配体结合模式的对接状态就越好。基于较低的结合能，HL肽的模拟对接状态优于KL肽。结果表明，与KL相比，HL能与SF表面结合，显著增强SF表面的功能化...
 医用蚕丝科技 2024-01-08 09:10
分子模拟 请问有哪些参数可以表征分子链间产生滑移的难易程度
天然淀粉链是会在仿真的过程中缠绕打结，我现在用我改性后的链去跑的话不会打结，但是我想表征一下改性之后淀粉链间是更容易发生滑移的，请问这样的该采用哪些参数，感觉RMSD、ROG这些参数...
 phaha 2023-11-06 01:39
分子生物 计算机辅助药物设计(CADD)如何入手,速看(包含gromacs).
分子动力学结果分析3.1轨迹文件观察3.2能量数据作图3.3轨迹修正处理3.4回旋半径分析3.5计算蛋白构象的rmsd变化3.6计算原子位置的rmsf变化3.7蛋白配体构象聚类3.8蛋白配体相互作用氢键分析3....
 科研小生k 2023-04-27 02:19
药学 Autodock分子对接方法验证
看文献时发现分子对接前要先用原配体与受体进行对接，根据RMSD判断对接方法的准确性。但是网上用autodock和pymol进行分子对接的教程中没有说如何进行方法验证，请有了解的专家讲解指点迷津...
 xujingyuanxu 2022-08-11 03:24
分子模拟 请教PCA分析
请教大家一个问题，没有做主成分分析的情况下怎么知道可以用回旋半径跟rmsd做FEL？
 gougou720 2022-06-25 02:58
分子模拟 Amber、Gromacs学习心得
基于分子动力学的轨迹特征获取教学目标：从动力学模拟出的构象出发，洞悉构象转变，解释实验想象，预测实验结果11构象分析11.1RMSD分析11.2B-Factory分析RMSF分析11.4RG分析11.5二级结构...
 pang04 2022-02-22 08:10
分子模拟 用rmsd判断稳定性
请问用VMD画rmsd怎么做呢？想画成图二的样子，图一是现在能做到的。谢谢
 单单单1234 2021-10-26 12:32
分子模拟 请问Amber中cluster的用法
各位大神好！请问amber中，我想使用两个...dme[]Distancebetweenframescalculatedusingdistance-RMSD(akaDME,distrmsd)usingatomsin[pairdist]Filetouseforloading/savingpairwisedistances.
 欧宝宝的鱼 2021-09-06 02:57
分子模拟 Sybyl
Sybyl2.0从哪能看rmsd值啊
 Soulmm 2021-08-12 04:17
分子模拟 分子动力学简介
三看系统的rmsd是否达到你能接受的范围，等等。8）运行足够长时间的模拟以确定我们所感兴趣的现象或是性质能够被观测到，并且务必确保此现象出现的可重复性。9）数据拿到手后，很容易通过...
 可爱草莓 2021-07-22 09:40
分子模拟 autodock打分第一的结合构象数据怎么分析？
图中clRMS跟refRMS啥区别，哪个是平常所描述的RMSD？（还是说都不是）图中结合能就是综合静电能、范德华力、疏水作用的打分函数么？有文章称，根据药物跟蛋白合晶的xrd数据显示，大多数小...
 兴昌孙 2021-02-14 02:08
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