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分类	共搜索到 227 个相关话题(最多显示前5000个)	作者	最后发表

硕博家园	分子动力学模拟问题咨询 nvt、npt都平?了200ps，最后运行了50ns，中途电脑断了一次电，我后面用命令接着跑，但后面跑出来的图总是存在问题，（由于图片上传不上来，我用文字描述下问题RMSD的图在10、13、17-22、25...	18788705568	2025-03-22 02:21
分子模拟	蛋白-小分子动力学模拟求问这种程度的rmsd是不是没有达到平?状态啊？	彼岸莫离	2025-03-07 02:57
考博	申博—生物大分子蛋白互作\真菌毒素（2）计算技能：蛋白和小分子的结构建模、分子动力学模拟、模拟结果的一般分析（RMSD、RMSF、相互作用分析等）、分子对接、结合自由能计算等计算方法。我已经通过英语六级考试（在备考雅思...	jiansu_aiyh	2025-02-11 01:43
考博	申请博士 DNA相互作用的生物发光检测、细菌和真菌培养、小分子外施等实验）和计算技能（蛋白和小分子的结构建模、分子动力学模拟、模拟结果的一般分析（RMSD、RMSF、相互作用分析等）、分子对接、...	见素123	2024-11-11 10:18
考博	申请25年博士 DNA相互作用的生物发光检测、细菌和真菌培养、小分子外施等实验）和计算技能（蛋白和小分子的结构建模、分子动力学模拟、模拟结果的一般分析（RMSD、RMSF、相互作用分析等）、分子对接、...	见素123	2024-10-05 12:47
生物材料	新型生物材料结合/骨生成双功能肽与蚕丝纤维蛋白膜结合，有效... 一般来说，再对接实验得到的RMSD值越低，配体结合模式的对接状态就越好。基于较低的结合能，HL肽的模拟对接状态优于KL肽。结果表明，与KL相比，HL能与SF表面结合，显著增强SF表面的功能化...	医用蚕丝科技	2024-01-08 09:10
分子模拟	请问有哪些参数可以表征分子链间产生滑移的难易程度天然淀粉链是会在仿真的过程中缠绕打结，我现在用我改性后的链去跑的话不会打结，但是我想表征一下改性之后淀粉链间是更容易发生滑移的，请问这样的该采用哪些参数，感觉RMSD、ROG这些参数...	phaha	2023-11-06 01:39
分子生物	计算机辅助药物设计(CADD)如何入手,速看(包含gromacs). 分子动力学结果分析3.1轨迹文件观察3.2能量数据作图3.3轨迹修正处理3.4回旋半径分析3.5计算蛋白构象的rmsd变化3.6计算原子位置的rmsf变化3.7蛋白配体构象聚类3.8蛋白配体相互作用氢键分析3....	科研小生k	2023-04-27 02:19
计算模拟	分子动力学理论计算14个氨基酸的多肽稳定性分别经过NVT系统、NPT系综和MD模拟后，所得到的多肽分子结构与能量最小化的多肽分子结构的对比分析，计算均方根偏差RMSD和螺旋半径Rg等。期望周期：三周内完成；参考论文：人体免疫多肽表面...	angelawangxx	2023-02-09 06:18
分子模拟	分子动力学理论计算14个氨基酸的多肽稳定性分别经过NVT系统、NPT系综和MD模拟后，所得到的多肽分子结构与能量最小化的多肽分子结构的对比分析，计算均方根偏差RMSD和螺旋半径Rg等。期望周期：三周内完成；参考论文：人体免疫多肽表面...	angelawangxx	2023-02-09 06:01
药学	Autodock分子对接方法验证看文献时发现分子对接前要先用原配体与受体进行对接，根据RMSD判断对接方法的准确性。但是网上用autodock和pymol进行分子对接的教程中没有说如何进行方法验证，请有了解的专家讲解指点迷津...	xujingyuanxu	2022-08-11 03:24
分子模拟	请教PCA分析请教大家一个问题，没有做主成分分析的情况下怎么知道可以用回旋半径跟rmsd做FEL？	gougou720	2022-06-25 02:58
分子模拟	Amber、Gromacs学习心得基于分子动力学的轨迹特征获取教学目标：从动力学模拟出的构象出发，洞悉构象转变，解释实验想象，预测实验结果11构象分析11.1RMSD分析11.2B-Factory分析RMSF分析11.4RG分析11.5二级结构...	pang04	2022-02-22 08:10
分子模拟	用rmsd判断稳定性请问用VMD画rmsd怎么做呢？想画成图二的样子，图一是现在能做到的。谢谢	单单单1234	2021-10-26 12:32
分子模拟	请问Amber中cluster的用法各位大神好！请问amber中，我想使用两个...dme[]Distancebetweenframescalculatedusingdistance-RMSD(akaDME,distrmsd)usingatomsin[pairdist]Filetouseforloading/savingpairwisedistances.	欧宝宝的鱼	2021-09-06 02:57
分子模拟	Sybyl Sybyl2.0从哪能看rmsd值啊	Soulmm	2021-08-12 04:17
分子模拟	分子动力学简介三看系统的rmsd是否达到你能接受的范围，等等。8）运行足够长时间的模拟以确定我们所感兴趣的现象或是性质能够被观测到，并且务必确保此现象出现的可重复性。9）数据拿到手后，很容易通过...	可爱草莓	2021-07-22 09:40
分子模拟	autodock打分第一的结合构象数据怎么分析？图中clRMS跟refRMS啥区别，哪个是平常所描述的RMSD？（还是说都不是）图中结合能就是综合静电能、范德华力、疏水作用的打分函数么？有文章称，根据药物跟蛋白合晶的xrd数据显示，大多数小...	兴昌孙	2021-02-14 02:08
计算模拟	基于Gromacs的蛋白分子动力学模拟（RMSD、RMSF及蛋白的回旋半径... 基于Gromacs的蛋白分子动力学模拟（RMSD、RMSF及蛋白的回旋半径）详见如下链接：'https://zhuanlan.zhihu.com/p/338040218'	hazheng	2020-12-19 03:31
硕博家园	蛋白质叠合及计算RMSD 按审稿人，他在用我的上述数据计算RMSD之前，是按蛋白质结构中相邻Cα之间距离是3.8?前提下进行内部坐标向笛卡尔坐标的转化，然后再用VMD软件对这个蛋白质进行叠合和计算RMSD,最终得到的...	zhanglz_2009	2020-05-18 11:15
计算模拟	将原配体与受体蛋白多次做分子对接，打分数及rmsd都不同，该如何... 在autodockvina中，将原配体与受体蛋白多次对接，打分数及rmsd值总是不稳定，有时符合标准，有时候却不符合，我该如何选择最佳值及构象，有说服力？求大佬们指导	戴勇琦	2020-02-17 02:09
量子化学	采用混合基组对CrCl4H2O2 进行opt freq 计算出错 0.7496526702\|H,-2.5901080072,0.2580010843,-0.7611369424\|Version=IA32W-G09RevD.01\|State=1-A\|HF=-2080.7359469\|RMSD=2.737e-009\|RMSF=9.279e-006\|Dipole=-0.0009206,-0.0000989,-0....	我是小璇璇	2019-08-09 03:51
分子模拟	sybyl-x 1.1 大家好，最近在做sybyl。但是之前一直用的sybyl-x2.0版本，现在需要计算RMSD值，想寻求一份sybyl-x1.1，或者有谁知道如何用sybyl-x2.0计算RMSD值，谢谢大家。	月夜未央cxq	2019-08-01 02:14
生物科学	用圆二色谱预测蛋白质二级结构的几个问题 3、用CDpro做出来的结果我看不懂，结果如下：SAMPLE:SP1PROGRAM:CONTINLLRef.Prot.Set:SMP56Structure:H(r)H(d)S(r)S(d)TurnUnrdFractions:.000.000.778.000.222.000RMSD(Exp-Calc):.425...	1063301740	2019-04-22 06:28