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生物科学
计算生物信息学服务器怎么选
机器软件方面,服务器出厂预装Blast,GATK,BWA,Bowtie
2
等常用或者客户指定的计算生物信息学软件,集成OpenMPI,
MPICH
并行计算环境,GNUC/C++编译器,GNUFortran编译器,LAPACK,BLAS,Atas...
专注做科研的
2024-04-02 02:27
分子模拟
安装windows并行版lammps,多核运行没有实现
我安装的2022stable,按手册安装的
mpich2
。算的是epamples里的melt例子,在命令行输入mpiexec-np2lmp-inin.melt.lmp后,屏幕输出了2次运算结果。每次都是1by1by1mpi。请问这个是什么原因?
Mr_woniu
2023-04-25 01:22
分子模拟
分子动力学模拟及其LAMMPS实现
分子动力学基础1.1原理.1.
2
势能1.3温度、压强
2
.linux系统常见命令和操作3.lammps介绍和并行版安装(linux版)4.lammps模拟基本流程5.建模和后处理软件概述6.出错解决思路7.专题一:纳米流动...
luyaobao
2022-05-22 06:58
分子模拟
在Ubuntu16.04中安装lammps-2015May15屡次出现error
2
该如何解决
服务器为Ubuntu16.04,安装fftw-3.3.8,
mpich
-3.3.
2
,fftw和
mpich
均安装成功,但是在输入"makempi-j32"安装lammps时屡次出现error
2
(第一次安装的lammps-2015May15,第二次安装的lammps-2021...
miaoxr21
2022-01-04 12:26
分子模拟
想向各位大佬请教一下怎么正确使用网站提供的势函数文件。
这是我的in文件#CodepositedonCo#mpirun-np16./lmp_g+_
mpich
定义数值variablelat_aequal
2
.51variablelat_cequal4.10variablelat_xequal20*{lat_a}variablelat_yequal20*{lat_a}variablelat_...
袁远渊
2021-09-06 04:49
计算模拟
vasp仿真报错Floating point exception(core dumped)
gcc的版本有4.85.5和7.5执行mpirun-np4vasp报错:floatingpointexception(coredumped)不同gcc版本下均会报错,重新装了一次
mpich
-3.3.
2
,仍旧报错,不知道问题出在哪里,搜了很多解决方法,...
miaojz
2020-04-30 01:19
第一性原理
MS用castep结构优化出错
本人刚刚接触第一性原理计算,很多东西还不懂,求大佬...pmci.c:313):unabletocreatePMIport[mpiexecshao
2
]main(./ui/
mpich
/mpiexec.c:877):processmanagerreturnederrorlaunchingprocesses
李业成
2018-11-07 04:19
量子化学
提交任务时提示MOMAP没有权限
MOMAP在liux下安装好之后,提交任务时出现-bash:/home/dn/soft/momap-1.0.1.dev-
mpich2
/bin/momapermissiondenied请问有没有知道是怎么回事?
844698031
2018-10-11 03:47
分子模拟
Windows系统下安装lammps
从官网下载的
MPICH2
无法安装,这是不是需要下载另外的一个软件,以此来安装mpi吗?
风吹雪萧萧
2018-09-22 07:51
仿真模拟
converge
2
.3并行计算怎么实现
在convergestudio中runconverge按键中只有串行,怎么才能实现并行操作?(现在已经安装了
MPICH2
)
CRAYON黄昏晓
2017-11-24 01:52
分子模拟
LAMMPS
lammps新手,安装后进行例子试运行,出现如下问题,求教是什么问题,万分感谢:libinubuntu:~/md$mpirun-np
2
lmp_serial[proxy:0:0...198):errorwaitingforevent[mpiexecubuntu]main(ui/
mpich
/...
412236287
2017-06-06 02:50
计算模拟
Windows下lammps的并行安装
各位虫友们,大家在Windows下安装并行的lammps时,
mpich2
安装好运行时有没有出现Invaildcommand-lineargument,或者launchfailed:createdprocess(计算机名称)failed,error2系统找不到...
知识水货
2017-05-16 02:48
程序语言
cygwin模拟palabos编译环境
初学LBM,想自学palabos的使用,在windows环境下,按照百度文库的安装方法装cygwin,在
mpich
文件夹中运行make是什么意思啊,我装的时候没有make文件;还有palabos文件夹中修改...Image
2
.png
丶子非鱼
2017-04-06 01:20
硕博家园
求助大神,会安装分子动力学CPMD软件指导?
求助所需要的配置文件,intel/ifort,
mpich2
,Intelmkl。谢谢![发自小木虫android客户端
zsdlovesky
2017-04-01 07:21
第一性原理
32位Windows并行版Abinit,版本号7.10.5
为了结构清晰,附件压缩包中把Abinit和
MPICH2
的文件分开放了。在建立计算用的文件夹时,建议把两者混合。当然,也可以放在不同的地方,然后PATH中添加两个地址就可以了。Abinit的基本入门...
souledge
2016-11-27 02:54
程序语言
请教各位前辈一个fortran中并行程序
MPICH2
并行的问题
我们组的机群有两个节点,每个节点有4个CPU,每个CPU有16个核心,总共128个核心,为什么能够调用20个核心运算,32个核心却不能呢,32调用时出现图中错误,请问各位前辈有没有什么解决的方法...
Dallang
2016-11-08 03:24
程序语言
MPI实例程序
下列代码都是我在VS2012+
MPICH2
运行过的可用程序分享给大家有备注还有一部分是学C++时候的示例程序
bbw7561135
2016-09-04 01:40
第一性原理
用
MPICH
3.
2
,BLACS,LAPACK.SCALAPACK安装siesta
我用
MPICH
3.
2
,BLACS,LAPACK.SCALAPACK这几个数学库来安装siesta,能够顺利的编译过,但是在运行的时候会报错。比如是在用范德瓦尔斯势来计算单个原子的时候就会报错,MPI_...
Alpha s
2016-08-11 02:37
分子模拟
在ubuntu16.04并行lammps警告没有log文件,出现MPI_ABORT(MPI_...
第一次用的是mpich-3.2,后来更换了
mpich2
-1.5,还是不行,最后又更换了ubuntu版本的mpich,依然还是这个问题,每次编译都没有错误。在运行时,只要没有输出命令:dump或fix。print,均可...
力学好男人
2016-05-18 06:15
程序语言
我在安装
mpich2
的时候出现下面图片的情况怎么解决
在安装deform的时候携带了这个软件的安装,关于deform其他的都安装好了,就这一个不成。
mpich2
是干什么用的呢?捕获.PNG
天独飞雪
2016-03-14 03:06
计算模拟
mpiexec
各位大神,小弟最近用
mpich2
在windows下进行并行计算,不知哪个环节出问题了,mpiexec执行不了,没有任何提示,就是不计算,好像什么都没发生过一样。麻烦告知小弟,不胜感激!
zhuyujie1992
2016-02-24 02:30
分子模拟
ubuntu14.04 下安装lammps时
mpich
.3.
2
的问题
安装
mpich
3.
2
时要保存路径,但把路径复制在两行fi后,怎么保存,并退出呢?本人ubuntu新手,求解答
飒爽的风儿
2016-01-29 12:11
计算模拟
并行程序
mpich
1.
2
.5,求
小弟准备用并行程序计算流体,因代码特点需
mpich
1.
2
.5,哪位计算大神有这个安装包,麻烦发给小弟,感激不尽。邮箱'1633349141qq.com'[发自小木虫android客户端]...
zhuyujie1992
2015-11-15 02:35
分子模拟
ubuntu系统下安装MPCHI3.0.
2
时MAKE出错。求大神解答
make[
2
]:*[src/binding/f90/create_f90_real.lo]错误1make[
2
]:正在离开目录`/home/lin/
mpich
'make[1]:*[all-recursive]错误1make[1]:正在离开目录`/home/lin/
mpich
'make:*[all]错误
2
希望...
木木_学术
2015-09-26 04:56
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