我想得到的是一个反应的反应路径，一路检索，最终发现要进行过渡态的搜索，我使用的是NEB方法搜索过渡态，在VTST官网下载的脚本，使用了nebmake.pl./IS/POSCAR./FS/POSCAR2插了两个点。...

明瑞光一、个人简介明瑞光，男，博士、教授、博士...23(1),pp.1-19.46.Contiliani,D.F.,J.F.C.D.O.Nebó,R.V.Ribeiro,M.G.D.A.Landell,T.C.Pereira,R.Ming,A.Figueira,S.Creste.2023.Drought-...

我在计算AlBN极化翻转势垒时，当B的浓度较低时能够熟练，B浓度稍微大一点就没办法收敛，别人文章是能够收敛的。我采取了IOPT为1，3，7三种收敛模式测试，也增加图像到48个，都没办法收敛，...

考的是渔业发展，求调剂。

306求调剂

PhDpositionFT-basedlong-...nudgedelasticbandmethod(NEB),clusterexpansionandkineticMonteCarlo(KMC)tosimulatelong-timescalekineticsinmaterialssynthesis,operation,anddegradation....

帮忙代算neb，二维材料硕来

小弟研一，在调研文献的时候...在文献中（原文为：In10uLvolumes,100nMCas12a(NEB),100nMcrRNA,1XNEB2.1buffer(NEB),500nMssDNAfluorescentquenchedreporter(5'6-FAM/TTATT/BHQ-13',Sangon),...

刚刚接触vasp，想问一下各位大佬，在neb作过渡态能量计算时，要不要进行结构优化？为什么我在网上看有一些要，有一些又不要，如果我构建中间态时，那我的中间态又要不要结构优化呢？

想请问各位大佬，我用neb寻找过渡态，2个氢原子旋转方向变了。我找出来是2个峰，我把这2峰左右点拿出来作neb发现没有过渡态，该怎么找这种没有断键成键的过渡态呀！

新手计算迁移势垒，例如图中的迁移路径，路径P2是优化H1.H2的结构能量，然后在中间插点计算，计算路径P1时需要怎么算？是分开两段分别插点计算neb还是怎么整体计算？

各位大佬，在用lammps的neb算法时，我想计算空位的迁移能垒，那这个末态文件的构造中，这个原子id的选择有啥注意的吗，而且这种方法怎么看它的迁移路径，in文件导出的dump文件里，只能看到...

利用VTST计算NEB时插点4个，只计算01文件夹是什么原因呢INCAR里的images设置的是4计算核数也是整数倍

有没有前辈用过neb的intein的数据库，我在二十年前的文献上看到他的网址，但是现在怎么也打不开了，不知道什么原因，网址如下'http://www.neb.com/neb/inteins.html'

支持晶体、分子、表面、界面、多晶、合金、NEB反应路径建模；支持添加区域掺杂电荷、介电区域、金属区域；内嵌晶体、分子、富勒烯等数据库。?推荐配置宝禄72核服务器采用IntelPlatinum8373...

添加了3个插值，进行vasp计算时只计算到02文件夹，03文件夹里没有计算结果，还是只有一个POSCAR，什么原因？

purify后用NEB的BamHI对PUC118和PCR产物进行酶切。purify。4.使用promegaT4ligase进行连接。5.使用电转化法，将重组质粒转进感受态细胞DH5α，涂板培养，进行蓝白筛眩6.挑取白色单克隆进行...

最近在做基因定点突变，想用同源重组的方法替换掉目的基因，设计了四个片段，左同源臂，抗性基因，目的片段，右同源臂，以下简称ABCD，我把这四段片段都扩了出来，但不能将四个片段用NEB酶...

在用NEB计算过渡态时，初始态能量为-434，末态能量为-440，插6个点，但是插点之间能量差太大

文献中路径二从TIS-OIS-TIS位得到的结果是0.25，而自己重复时得到计算结果为0.4，请问有无大神知道要如何修改计算啊路径一从TIS-TIS的计算结果都是相近的

使用了NEB的试剂盒，试了十几组引物，都是空白和实验组都有扩增，排除了很多污染的可能，除了DNA其他的试剂都是在生物安全柜里加的，但是还是有扩增，请教各位老师。

请问下各位老师，使用DIMER方法计算过渡态发现不收敛，之前用CL-NEB进行过计算是收敛的。有什么办法可以解决吗。这是DIMCARStepForceTorqueEnergyCurvatureAngle10.054954.30704-242.71845-...

请问大佬们，构建表达质粒时，为验证目的片段与载体是否连接上，用NEB的T4连接酶连接后做了转化、菌液PCR可以扩出目的大小条带，提质粒后仍用NEB的酶做双酶切（50μl体系），质粒1μg定量，...

CI-NEB计算；钙钛矿结构1.间距约为8埃，插点个数应该插几个呀2.插了7个点后计算一直不收敛，请问这种情况可能是由于什么导致的呀，怎么解决？谢谢！

目的基因4500bp左右，载体5770附件，同源重组测序发现两次测序结果都是丢失一个位置的片段，但是...转化用的是DH5α，酶用的是neb的重组酶，这个酶之前克隆基本长点都是连接上的，求大神指教。