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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请问 能否在溶剂中只算过渡态单点能的情况下 把虚频消掉？
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ludeng8710

新虫 (小有名气)

[求助] 请问 能否在溶剂中只算过渡态单点能的情况下 把虚频消掉？

在气相中求得了过渡态
在溶剂中只想算下单点能，但会有一两个小虚频 查看结构 对应着苯环之类的转动
请问 可不可以
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1楼2011-11-13 09:11:06
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 谢谢 2011-11-14 21:04:52
莫名其妙的问题
既然是在气相中得到的过渡态，那么也就是说你已经确认了，有且仅有一个虚频，而且振动模式正确。
然后在溶剂中只做单点算，既然只做单点算，那哪来的频率呢？你到底是在溶剂中重新优化了？重新找过渡态了？还是只做了单点算？还是算的同时做了频率分析？看样子是后者吧。。为什么呢？为什么单点算还要再做频率分析呢？有何意义呢？那个结构明明是气相过渡态，在溶液中未必如此，做单点算的前提就是假定结构变化不大而做的一个近似。你重做频率分析，除了证明这是近似而不是真实溶液中的过渡态，还能说明什么？还是你在溶液中重新找了过渡态？
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2011-11-13 17:59:50
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ludeng8710

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangmt at 2011-11-13 17:59:50:
莫名其妙的问题
既然是在气相中得到的过渡态，那么也就是说你已经确认了，有且仅有一个虚频，而且振动模式正确。
然后在溶剂中只做单点算，既然只做单点算，那哪来的频率呢？你到底是在溶剂中重新优化了？重新找 ...

的确是单点算的同时做了频率分析，因为需要吉布斯自由能
现在是一方面需要溶液中过渡态的吉布斯自由能，一方面又没有时间在溶液中优化过渡态。。。
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3楼2011-11-13 18:06:23
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ludeng8710(金币+100): 很感谢 有些问题有些傻 但会认真学习的 请不吝赐教 谢谢~ 2011-11-14 10:23:46
小红豆(金币+10): 谢谢 2011-11-14 21:05:22
一般情况下没必要在溶剂中寻找过渡态——虽然严格来说应该如此，但你也知道，溶剂化模型很粗糙。重新找的过渡态也未必就正确。
你做溶剂化计算时，结果自然会给出△Gsol，用气相的那个△G直接加上它就可以了啊。没必要做频率分析，何况这个时候做频率分析不仅是无意义的，而且是错误的。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
4楼2011-11-13 22:29:19
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ludeng8710

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangmt at 2011-11-13 22:29:19:
一般情况下没必要在溶剂中寻找过渡态——虽然严格来说应该如此，但你也知道，溶剂化模型很粗糙。重新找的过渡态也未必就正确。
你做溶剂化计算时，结果自然会给出△Gsol，用气相的那个△G直接加上它就可以了啊。 ...

很感谢 那请问△Gsol这个值是直接在 溶剂的单点计算里就能找到么？怎么找？谢谢~
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5楼2011-11-14 10:22:20
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ludeng8710

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangmt at 2011-11-13 22:29:19:
一般情况下没必要在溶剂中寻找过渡态——虽然严格来说应该如此，但你也知道，溶剂化模型很粗糙。重新找的过渡态也未必就正确。
你做溶剂化计算时，结果自然会给出△Gsol，用气相的那个△G直接加上它就可以了啊。 ...

请问：我用scfvac关键词以后，在计算结果中会找到：
DeltaG (solv)    (kcal/mol) =   ＊＊＊     （溶剂化能）


溶剂中的自由能：自由能=单点能+自由能校正（来自于频率分析）+溶剂化能


这个“单点能”指的是算出来的SCF能量加上零点能校正么？
需要加零点能校正么？
【因为气相中过渡态的能量是直接提取的SCF(E)和Sum of electronic and thermal Free Energies（G）后面的数值】

这个“自由能校正（来自于频率分析）”指的什么呀？
谢谢~
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6楼2011-11-14 17:11:02
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ludeng8710

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangmt at 2011-11-13 22:29:19:
一般情况下没必要在溶剂中寻找过渡态——虽然严格来说应该如此，但你也知道，溶剂化模型很粗糙。重新找的过渡态也未必就正确。
你做溶剂化计算时，结果自然会给出△Gsol，用气相的那个△G直接加上它就可以了啊。 ...

没有金币了 麻烦大侠有空回答一下 以后送你花花....
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7楼2011-11-14 17:13:01
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小红豆(金币+5): 谢谢 2011-11-14 21:05:36
你算频率时得到的G就是已经包含了自由能校正的值。
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8楼2011-11-14 17:56:06
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★ ★ ★ ★
小红豆(金币+5): 谢谢 2011-11-14 21:05:47
引用回帖:
6楼: Originally posted by ludeng8710 at 2011-11-14 17:11:02:
请问：我用scfvac关键词以后，在计算结果中会找到：
DeltaG (solv)    (kcal/mol) =   ＊＊＊     （溶剂化能）


溶剂中的自由能：自由能=单点能+自由能校正（来自于频率分析）+溶剂化能


这个“单点能 ...

楼上已经回答了，气相中作频率分析，得到的G用做过零点能校正后的值。
气相不做频率分析是得不到零点能校正的。
SCF得到的能量只是电子能，要加上平动能、转动能、振动能之后才得到内能E，也就是热力学上俗称的U，再加上pV才是焓H，把分子当做理想气体，就直接加上kT即可（如果是摩尔内能与摩尔焓，就是加上RT）。然后根据统计热力学计算出当前的熵S，再用H-TS，才得到G。
因此你的表述是错误的。。不过这些计算过程只要你做了freq，Gaussian会替你完成的，你直接读结果就可以了。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
9楼2011-11-14 19:39:02
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ludeng8710

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhangmt at 2011-11-14 19:39:02:
楼上已经回答了，气相中作频率分析，得到的G用做过零点能校正后的值。
气相不做频率分析是得不到零点能校正的。
SCF得到的能量只是电子能，要加上平动能、转动能、振动能之后才得到内能E，也就是热力学上俗称的 ...

是不是气相的自由能+溶剂化能？
△G(g)+△G(solv)
△G(g) 用freq 得到, 也就是单点能+自由能校正,
△G(solv) 用scfvac 得到
谢谢~
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10楼2011-11-14 20:43:52
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