24小时热门版块排行榜    

查看: 1817  |  回复: 13
【悬赏金币】回答本帖问题,作者竖走的螃蟹将赠送您 5 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

竖走的螃蟹

新虫 (小有名气)

[求助] 金属配合物DFT计算,老是出现自旋污染,怎么解决啊已有1人参与

关键词
%chk=Ru-CF3-TD-1.chk
%mem=5GB
%NProcShared=8
# opt td=(nstates=6) ub3lyp/genecp geom=connectivity

Charge =  0 Multiplicity = 2
C                    -3.89701  -1.49571  -0.09117
C                    -3.30042  -2.7503   -0.23496
C                    -1.93259  -2.45736  -0.19552
N                    -1.79447  -1.10611  -0.03461
H                    -3.78839  -3.70652  -0.35021
C                    -0.71996  -3.23521  -0.29002
C                    -0.6809   -4.63041  -0.4446
C                     0.54402  -5.27871  -0.5095
H                    -1.61265  -5.18196  -0.50841
C                     1.62081  -3.15155  -0.26627
C                     1.72148  -4.52898  -0.41479
H                     0.58502  -6.35762  -0.6288
H                     2.5008   -2.5251   -0.17354
H                     2.69907  -4.99678  -0.45363
N                    -2.97823  -0.50898   0.02766
C                    -5.3539   -1.1785   -0.05414
F                    -5.73139  -0.61996   1.11669
F                    -5.71962  -0.31979  -1.0311
F                    -6.08587  -2.30841  -0.21551
N                     0.4365   -2.51353  -0.21047
Ru                    0.16101  -0.33832   0.01166
C                    -0.56      1.88335   1.69652
C                    -1.00284   3.56738   0.36392
H                    -1.2167    3.82463   2.57821
N                    -0.37124   1.53614   0.37565
C                    -0.97105   3.20599   1.72837
N                    -0.64059   2.5587   -0.43918




Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  44.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -2523.16279936     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.59D-06     -V/T= 2.0311
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7548 S= 0.5024
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7548,   after     0.7500
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09.D01/g09/l502.exe at Tue Jun 20 18:23:52 2023.
Job cpu time:       5 days  5 hours  3 minutes 26.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1697 Int=      0 D2E=      0 Chk=    175 Scr=      1

有哪位虫友知道这个怎么解决吗?跪谢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 竖走的螃蟹 at 2023-06-29 20:47:43
老师,电中性的我知道净电荷数是0,多重度是2,但是假如是离子型,外层带一个负电荷,它的多重度没有变化也是2,这里带金属那块的净电荷是理论上是1,我设置1 2,后又出现不收敛问题了。之前中性不收敛我优化好结构 ...

不收敛就还是按照SCF不收敛的办法去应付。解决办法都是通用的。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

10楼2023-06-30 12:21:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这并非什么自旋污染 而是因为过渡金属体系SCF经常不容易收敛。加一些关键词就可以解决。可以看我 http://muchong.com/t-14242735-1 这个帖子 最新教程1.6版的2.2节
大体内容如下

********************************************************************************
“”2.2 SCF不收敛 (l502.exe error)
报错信息一般如下
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -1111.12727817     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.76D-04     -V/T= 2.7410
KE= 6.382296294020D+02 PE=-5.731294386816D+03 EE= 2.414551554017D+03
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in F:\Gaussian\G09W\l502.exe


A. 首先检查输入结构是不是合理。绝大部分情况下都是因为结构跟 “真实” 结构差的很远,导致的SCF难以收敛。尽量给一个能给出的最好结构 (比如先用UFF粗略优化一下,再用PM6 在优化一下。然后再用DFT计算之类的)
B. 检查体系的自旋多重度是否设置的合理。尤其是过渡金属体系。如果多重度设置的偏离 “真实” 情况很远,则非常难以收敛
C. 检查基组是否合理。尤其是包含重原子,是否合理的设置了混合基组之类的都会影响。具体参考本文1.1节设置混合基组和赝势的方法。
D. 检查当前给的初始结构是否真实存在于 “气相” 中。因为有时候气相和溶液相结构很不一样。这就会导致初始结构以为很准其实是很差的情况。如果是溶液中的结构则需要加上溶剂模型SCRF,见本文1.2 .有时候加了溶剂模型就可以帮助收敛。
E. 以上确定是没有问题的,这时候就考虑加入一些关键词帮助收敛
SCF=(XQC,MAXCONVENTIONALCYCLES=64)
这个关键词可以应用在绝大部分情形下。但是绝不要一上来就用,一定要检查之前的步骤一都没问题了再去使用。G09的话就用SCF=XQC就好。 G16可以写这一串。
SCF=NoVarAcc
高斯在计算SCF过程中,最开始的几步为了加速会降低积分精度。这样有时候就会让波函数不小心进入了一个错误的区间。很难再优化下去。所以可以用这个关键词,取消这种加速降低积分精度的方法。
SCF(VSHIFT=500) 这个一般可以用在过渡金属体系。这种体系,可能HOMO-LUMO间距过小导致波函数不容易收敛。可以计算中人为太高这个值。这个不会影响结果只会影响收敛过程。一般设定在500上下比较合理。

INT(Acc2E=12, UltraFine)
如果用G09进行计算,也可以考虑这个关键词提高了DFT的积分精度和格点精度。这个仅仅适用在某些DFT计算中。比如M062X 这类对于格点要求比较高的泛函中。G16中这个已经是默认值不需要写。

实际计算可以用以上提到的一个或者几个关键词一起帮助收敛。
如果体系实在是太过巨大,这些都做了还是很难收敛。可以使用

SCF(CONVER=6)
这个关键词降低SCF收敛限到10-6, 而默认是10-8。但是慎用。这样的结构可能得到的根本不准。最好是优化完成后,读取波函数和结构恢复到默认的收敛限再进行一次优化。

*****************************************************************************************************
2楼2023-06-24 09:36:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

竖走的螃蟹

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2023-06-24 09:36:37
这并非什么自旋污染 而是因为过渡金属体系SCF经常不容易收敛。加一些关键词就可以解决。可以看我 http://muchong.com/t-14242735-1 这个帖子 最新教程1.6版的2.2节
大体内容如下

***************************** ...

太感谢您了,我这就去试试

发自小木虫Android客户端
3楼2023-06-26 15:07:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

竖走的螃蟹

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by paramecium86 at 2023-06-24 09:36:37
这并非什么自旋污染 而是因为过渡金属体系SCF经常不容易收敛。加一些关键词就可以解决。可以看我 http://muchong.com/t-14242735-1 这个帖子 最新教程1.6版的2.2节
大体内容如下

***************************** ...

在优化后的坐标再优化一次不知道能不能降低这种情况出现
4楼2023-06-26 15:19:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 硕博巨婴,也许才刚刚开始 +23 SNaiL1995 2024-06-12 55/2750 2024-06-14 16:05 by chemhua
[考博] 34岁读博士晚吗 +20 emitdne 2024-06-13 20/1000 2024-06-14 16:02 by chemhua
[教师之家] 饶议:什么制度能保障大学普通教师不用为领导拎包,不用看领导脸色 +6 zju2000 2024-06-12 10/500 2024-06-14 15:57 by chemhua
[找工作] 杭电、天津科技、青农和宁波工程学院如何选? +6 味道很好啊 2024-06-13 6/300 2024-06-14 15:35 by lizhiweiouc
[基金申请] E12面上申请 +4 汉风之遗 2024-06-13 4/200 2024-06-14 15:28 by 天外飞去来
[文学芳草园] 累并快乐着 +7 MYHLD521 2024-06-14 7/350 2024-06-14 14:50 by weld2205
[论文投稿] 审稿问题:为什么荧光激发波长和紫外吸收波长差的大? 10+3 sdawege 2024-06-14 6/300 2024-06-14 13:07 by icm639
[基金申请] 博士后基金需要结题吗? +7 zhouchuck 2024-06-13 7/350 2024-06-14 10:23 by zt0543
[论文投稿] 返修送审后第3天,只有原来的一个审稿人接受了审稿,其他两个有没有可能跑路? 60+5 huanpo116 2024-06-08 9/450 2024-06-14 10:01 by bobvan
[论文投稿] ACS Nano投稿后分配到副编辑手里12天了,能确定送审了吗? +5 潇洒怡惜 2024-06-12 10/500 2024-06-14 09:56 by 潇洒怡惜
[论文投稿] 文章proof要求使用机构的邮箱 5+3 不可不信缘 2024-06-11 11/550 2024-06-14 07:00 by 3001160025
[教师之家] 请各位老师谈谈身边非升即走的例子 +10 Lucas1121 2024-06-09 25/1250 2024-06-13 21:52 by Lucas1121
[基金申请] 博士后面上项目状态还是专家评审吗 10+9 Thatcheremu 2024-06-13 55/2750 2024-06-13 21:23 by 乌合麒麟
[基金申请] 连续两年医学口青年项目初审体会 +11 进击的荣耀 2024-06-09 18/900 2024-06-13 17:27 by 进击的荣耀
[硕博家园] 机械研究生如何拿到年薪40+w +13 阿巴阿巴哦哦 2024-06-11 15/750 2024-06-13 15:40 by 113745685
[基金申请] 中者为王-观某校级项目为领导瓜分有感 +24 zqwcr 2024-06-08 36/1800 2024-06-13 14:53 by yuting
[考博] 博导推荐 +6 落雨吃鸡蛋 2024-06-07 8/400 2024-06-13 10:07 by keyaner23
[论文投稿] 摩擦磨损论文投稿 +3 jmysan 2024-06-12 3/150 2024-06-13 08:36 by 莱茵润色
[硕博家园] 迷茫的毕业季 +7 独孤老狗 2024-06-08 7/350 2024-06-12 19:13 by 投必得科研顾问
[论文投稿] water research状态咨询 5+3 Flyyawa 2024-06-10 6/300 2024-06-11 09:45 by bobvan
信息提示
请填处理意见