24小时热门版块排行榜    

查看: 525  |  回复: 6
【悬赏金币】回答本帖问题,作者xuannnn将赠送您 1 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xuannnn

新虫 (正式写手)

[求助] 转录组数据分析已有1人参与

请问已有2种植物(野生型和突变型)的转录组测序结果,如何找到某一基因在两种植物中的表达量?如何将该基因的序列提取出来看其编码蛋白序列是否发生变异?小白,希望大神告知可以用什么软件解决问题
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kobee57

新虫 (小有名气)

根据物种参考基因组,设计引物把野生型和突变株基因cds扩出来就行了啊

发自小木虫IOS客户端
2楼2021-09-15 00:07:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kobee57

新虫 (小有名气)

你的两个材料没有组装成基因组,所以不可能提取你想要的序列。

发自小木虫IOS客户端
3楼2021-09-15 00:08:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kobee57

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xuannnn: 金币+2, 有帮助 2021-09-18 09:58:37
引用回帖:
4楼: Originally posted by xuannnn at 2021-09-15 08:59:33
谢谢,我的物种没有参考基因组,但是已经组装成unigene,有方法可以把某一基因的表达量调出来吗(新手小白求教)
...

如果有人做过转录组分析,你可以根据相关基因把表达量结果提取出来,没人做的话,就只能只有自己提RNA,做定量

发自小木虫IOS客户端
6楼2021-09-15 15:56:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kobee57

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
xuannnn: 金币+2, 有帮助 2021-09-18 09:59:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by xuannnn at 2021-09-15 09:04:07
之前有其他人组装过,并且做了基因差异表达和功能注释的聚类分析,结果发现都聚集到花青素合成途径了,关于类胡萝卜素的合成并没有差异表达,请问有什么方法可以挑出转录组中关于类胡萝卜素合成酶基因的表达量?
...

根据他基因注解,把相关的基因挑出来就可以做了

发自小木虫IOS客户端
7楼2021-09-15 15:56:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xuannnn 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 24年还有机会申博吗,求博导收留 +3 鄙人康康 2024-05-23 6/300 2024-05-27 00:29 by 鄙人康康
[硕博家园] 要不要读博 +8 王乔木 2024-05-24 8/400 2024-05-26 23:48 by 余东东锵锵
[硕博家园] 研0 +6 控制调剂yl 2024-05-25 11/550 2024-05-26 23:37 by sakuraai
[硕博家园] 2024/2025碳纳米材料方向博士/科研助理申请 +4 小二仙 2024-05-21 8/400 2024-05-26 21:25 by 小二仙
[基金申请] 工材01送了吗? +3 xiaopang8958 2024-05-25 7/350 2024-05-26 20:11 by hdzw9071
[硕博家园] 好奇博士每天学习的有效时间 +6 hahamyid 2024-05-25 6/300 2024-05-26 16:30 by 意缱绻·
[硕博家园] 博士复试,申请成绩复核,有机会翻盘吗? +22 长海二声笑 2024-05-21 29/1450 2024-05-26 14:48 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 基金上会 +8 mrKiller 2024-05-25 10/500 2024-05-26 13:14 by mean6
[考博] 25博士申请 +3 1872075 2024-05-25 4/200 2024-05-26 12:05 by SudaQian
[硕博家园] 人生 +15 暮色恋伊人 2024-05-22 15/750 2024-05-26 08:23 by elainzai
[考博] 25年博士申请 +5 zjc晨 2024-05-24 8/400 2024-05-25 22:45 by zjc晨
[论文投稿] 真是奇怪的编辑部? +5 jjdg 2024-05-23 5/250 2024-05-25 21:57 by cqu_zzh
[教师之家] 经常觉得挺累的 +13 zylfront 2024-05-22 19/950 2024-05-25 21:08 by hjc404
[基金申请] 河北省基金 50+3 晓晓爱翠翠 2024-05-23 19/950 2024-05-25 15:34 by 972937946
[论文投稿] materials letter +4 烟雨盛世 2024-05-24 4/200 2024-05-25 02:07 by 1872075
[基金申请] 基金评审 +5 阿呆不呆 2024-05-20 5/250 2024-05-23 20:57 by 3001160025
[有机交流] 苯磺酰氯与醇羟基反应 5+4 杨怼怼? 2024-05-22 12/600 2024-05-23 15:59 by mrzhl1986
[考博] 邀请申请深圳大学计算机与软件学院专业学位博士研究生(具身智能机器人方向) +3 Qiang_Li 2024-05-22 5/250 2024-05-23 14:28 by Qiang_Li
[论文投稿] 投稿journal of energy chemistry +3 小可爱嘿呀 2024-05-21 3/150 2024-05-22 11:11 by xs74101122
[基金申请] 肿瘤口 +5 hml2091 2024-05-20 5/250 2024-05-21 22:48 by Liu131415
信息提示
请填处理意见