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shuigezhi金虫 (著名写手)
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Amber MD生成体系的力场参数文件不成功
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如下所示，在Amber MD生成体系的力场参数文件不成功 > saveamberparm complex NIT101-SUB.prmtop NIT101-SUB.inpcrd Checking Unit. Warning: There is a bond of 3.731338 angstroms between: Warning: The unperturbed charge of the unit (-9.997002) is not zero. Note: Ignoring the warnings from Unit Checking. Building topology. Building atom parameters. Building bond parameters. Building angle parameters. Error: Could not find angle parameter: n1 - c3 - hc Error: Could not find angle parameter: n1 - c3 - hc Error: Could not find angle parameter: n1 - c3 - hc Building proper torsion parameters. Note: 1-4: angle 4447 4448 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond) Note: 1-4: angle 4447 4455 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond) Note: 1-4: angle 4447 4456 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond) Note: 1-4: angle 4447 4457 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond) Note: 1-4: angle 4447 4448 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond) Note: 1-4: angle 4447 4455 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond) Note: 1-4: angle 4447 4456 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond) Note: 1-4: angle 4447 4457 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond) Note: 1-4: angle 4445 4447 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond) Note: 1-4: angle 4445 4447 duplicates bond ('triangular' bond) or angle ('square' bond) Error: ** No torsion terms for c3-n1-c1-c3 Building improper torsion parameters. ** Warning: No sp2 improper torsion term for C*-CN-CB-CA atoms are: CG CE2 CD2 CE3 ** Warning: No sp2 improper torsion term for NA-CA-CN-CB atoms are: NE1 CZ2 CE2 CD2 ** Warning: No sp2 improper torsion term for C*-CN-CB-CA atoms are: CG CE2 CD2 CE3 ** Warning: No sp2 improper torsion term for NA-CA-CN-CB atoms are: NE1 CZ2 CE2 CD2 ** Warning: No sp2 improper torsion term for C*-CN-CB-CA atoms are: CG CE2 CD2 CE3 ** Warning: No sp2 improper torsion term for NA-CA-CN-CB atoms are: NE1 CZ2 CE2 CD2 ** Warning: No sp2 improper torsion term for C*-CN-CB-CA atoms are: CG CE2 CD2 CE3 ** Warning: No sp2 improper torsion term for NA-CA-CN-CB atoms are: NE1 CZ2 CE2 CD2 ** Warning: No sp2 improper torsion term for C*-CN-CB-CA atoms are: CG CE2 CD2 CE3 ** Warning: No sp2 improper torsion term for NA-CA-CN-CB atoms are: NE1 CZ2 CE2 CD2 ** Warning: No sp2 improper torsion term for C*-CN-CB-CA atoms are: CG CE2 CD2 CE3 ** Warning: No sp2 improper torsion term for NA-CA-CN-CB atoms are: NE1 CZ2 CE2 CD2 total 912 improper torsions applied Building H-Bond parameters. Incorporating Non-Bonded adjustments. Warning: Parameter file was not saved. > savepdb complex NIT101-SUB.pdb Writing pdb file: NIT101-SUB.pdb Warning: Converting N-terminal residue name to PDB format: NMET -> MET Warning: Converting C-terminal residue name to PDB format: CPRO -> PRO > quit Quit Exiting LEaP: Errors = 4; Warnings = 6; Notes = 11. 请求大佬解答，是不是要去小分子力场参数文件里面写入报错的内容啊？但是我不知道如何写，郁闷 |
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2楼2020-12-09 12:12:53
shuigezhi
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这是我的leap文件，根据教程来弄得， tleap -f oldff/leaprc.ff99SB source leaprc.gaff loadamberparams SUB_h.frcmod loadoff SUB.lib complex = loadpdb COM.pdb saveamberparm complex NIT101-SUB.prmtop NIT101-SUB.inpcrd savepdb complex NIT101-SUB.pdb quit 下面是我的复合物受体和配体之间，已经用了TER隔开了 ATOM 2244 CG PRO A 292 -20.750 -30.825 -3.443 1.00 0.00 C ATOM 2245 CD PRO A 292 -22.161 -31.366 -3.701 1.00 0.00 C ATOM 2246 OXT PRO A 292 -22.137 -28.351 -0.858 1.00 0.00 O TER 2247 PRO A 292 ATOM 2248 N SUB d 0 7.403 -48.965 -13.607 1.00 0.00 N ATOM 2249 N SUB d 0 3.192 -50.043 -17.304 1.00 0.00 N ATOM 2250 C SUB d 0 7.078 -48.177 -19.244 1.00 0.00 C ATOM 2251 C SUB d 0 7.366 -49.172 -18.103 1.00 0.00 C ATOM 2252 C SUB d 0 7.407 -50.602 -18.668 1.00 0.00 C ATOM 2253 C SUB d 0 6.325 -48.995 -16.978 1.00 0.00 C ATOM 2254 C SUB d 0 6.369 -49.995 -15.804 1.00 0.00 C ATOM 2255 C SUB d 0 6.957 -49.411 -14.579 1.00 0.00 C ATOM 2256 C SUB d 0 5.020 -50.689 -15.523 1.00 0.00 C ATOM 2257 C SUB d 0 3.989 -50.335 -16.515 1.00 0.00 C 最终是NIT101-SUB.inpcrd ，这个坐标文件生成不了，是不是之前的小分子力场参数这个文件SUB_h.frcmod设置的问题？？求解惑。 |
3楼2020-12-09 14:56:37
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4楼2020-12-09 17:08:57
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小分子的名字我都确认过了重新按照教程改的，frcmod立场参数文件里面啥也没有我问过别人，她们说这样是正常的，但跑到后面生成体系立场参数就不行了，您方便留个微信吗？我加您请教一下。 发自小木虫IOS客户端 |
5楼2020-12-09 17:31:18
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